Thesis presentation today. Getting PhD. pic.twitter.com/BLGY2i1chu

— Viacheslav Shalisko (@VShalisko) 3 de abril de 2019

Читать дальше......

Proyectos en Naturalista.com

Son 2 nuevos proyectos para organizar las observaciones útiles en didáctica (curso 'Plantas con semilla' y otros).

• Flora del Sendero Arroyo del Carbón, Bosque la Primavera
• Practica de campo para curso de Espermatofitas

Читать дальше......

Áreas de distribución de Abies flinckii y Abies religiosa ssp. colimensis en Nevado de Colima.

Compara con datos de Martínez-Mendez et al. 2016. (http://www.botanicalsciences.com.mx/index.php/botanicalSciences/article/viewFile/508/pdf_4) Читать дальше......

Manual de árboles de Guadalajara

Manual de arboles más comunes en las calles de la ciudad de Guadalajara ver. 1.1 beta, ahora disponible en http://trees.rebiomex.org/ Читать дальше......

Ponencia en el seminario de botánica

Mi ponencia en el seminario de botánica 2014B:
Evolución de la morfogénesis de las hojas en las plantas: papel de redes regulatorias.

Ponencia en PDF

Resumen

Morfogénesis de hojas fue objeto de estudios en la biología de las plantas desde la primera mitad del siglo 20. Fueron propuestas varios mecanismos de control morfogénico, no exclusivas mutuamente, que incluyen mecanismos de termorregulación, biomecánicos, patrones hidráulicos, de fitohormonas y de expresión de genes, entre otros. En la última década los avances en los métodos de biología molecular, experimentos con organismos transgénicos y uso de coloración diferencial histológica de expresión de genes (GUS reporter system) han revolucionado esta área, permitiendo entender a detalle las bases genéticas de la morfogénesis. Fue revelado, que en gran parte la evolución de la forma de las hojas es el resultado de la evolución en las familias de genes regulatorios claves, entre ellos KNOX, ARP, CUC, PIN1, LFY/UNI, WOX. En las plantas con flor la expresión diferencial de estos genes resulta en la definición de los patrones de división, diferenciación y crecimiento celular en las hojas, que se transforma en el patrón morfogénico.

Recientemente Vlad et al. (2014) han estudiado el papel regulatoria del gen RCO en plantas de la familia Brassicaceae, donde este gen participa en el control de la forma de las hojas, determinándolos como simples o compuestas. Los autores han trazado el origen de este gen en consecuencia de de una duplicación y posterior diversificación regulatoria.

La evolución de los genes reguladores parece ser un mecanismo principal para el surgimiento de nuevos patrones morfogénicos y, en consecuencia, nuevos caracteres morfológicos. Es importante que en la evolución de los genes reguladores de la morfogénesis participa no solo la estructura de la parte codificante de proteínas, pero son aun mas importantes los cambios en algunos regiones no codificantes, que participan en el control de la expresión de estos genes. El análisis de los mecanismos genéticos de morfogénesis permiten establecer una relación directa entre los caracteres morfológicos y moleculares (de ADN), algo que parece ser importante en diseño de los matrices de datos combinados en sistemática filogenética.

Literatura

Vlad, D. et al. 2014. Leaf shape evolution through duplication, regulatory diversification, and loss of a homeobox gene. Science 343: 780–783.
Nicotra, A. B. et al. 2011. The evolution and functional significance of leaf shape in the angiosperms. Functional Plant Biology 38: 535-552.
Smith, R.S. et al. 2006. A plausible model of phyllotaxis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103: 1301-1306.
Tomescu, A. M. F. 2008. Megaphylls, microphylls and the evolution of leaf development. Trends in Plant Science 14(1): 5-12.
Williams, M.E. 2012. Evolutionary and developmental origin of leaves. Teaching tools in plant biology: Lecture notes. The Plant Cell (online) doi/10.1105/tpc.109.tt1109.
Chandler, J. y Williams, M.E. 2013. Genetic control of leaf development. Teaching tools in plant biology: Lecture notes. The Plant Cell (online) doi/10.1105/tpc.109.tt1209.

Читать дальше......

Ponencia en el foro sobre Abies

La ponencia Morfométria y rasgos estructurales de las especies de oyamel en el Occidente de México fue presentada el pasado 12 de septiembre en el Foro para el conocimiento y conservación de los Oyametales del Occidente de México. La ponencia presenta una parte de los resultados incluidos en nuestro nuevo articulo sobre Abies jaliscana, que esta por salir.

ponencia en PDF

Читать дальше......

Ponencia en el seminario de botánica

Hoy presente mi ponencia en el seminario: Biogeografía de los helechos arborescentes de la familia Cyatheaceae.

Resumen en PDF Ponencia en PDF

Resumen

La familia Cyatheaceae es un grupo monofilético de pteridofitas, soportado por datos morfológicos y moleculares. Su distribución incluye trópicos y subtropicos de ambos hemisferios, donde estas plantas habitan en los bosques húmedos de montaña; algunos representantes penetran a las montañas templadas de Nueva Zelanda, América del Sur, India, China y Japón. En la estructura filogenética de los Cyatheaceae modernos se reconocen cuatro principales clados: Alsophila, Cyathea, Gymnosphaera y Sphaeropteris. En el registro fósil Cyatheaceae aparece por primera vez en el Jurasico Superior de Tasmania, varias especies fueron descritas de los sedimentos del Cretácico Inferior del hemisferio norte.

El trabajo de Korall y Pryer (2014) sobre biogeografía histórica de Cyatheaceae incluye análisis de eventos de dispersión y vicarianza en la evolución del grupo en escala global, inferido con los métodos de biogeografía filogenética. La inferencia filogenética, la estimación de fechas de divergencia entre los linajes y el análisis biogeográfico se basan en las secuencias de las cinco regiones del genoma de cloroplastos, obtenidas para 78 taxa. Los autores estiman una posible fecha de divergencia entre Cyatheaceae y su grupo hermano Dicksoniaceae en 150 Ma; el grupo corona que incluye todas las especies modernas se formo en mediados del Cretacico (96 Ma). El análisis revela un complejo escenario de eventos vicariantes en el territorio derivado de Gondwana, combinado con una serie de dispersiones transoceánicas y la secuencia de eventos de expansión de rangos de distribución. El territorio de distribución inicial de Cyatheaceae inferido es Australia y/o América del Sur.

A pesar de que las unidades de dispersión de los helechos son las diminutas esporas transportadas por el viento con facilidad, las peculiaridades de su compleja biología reproductiva (fenómeno conocido como "outcrossing") reducen la frecuencia de eventos de colonización exitosa de nuevos territorios. En el caso de Cyatheaceae fueron identificados por lo menos nueve eventos de dispersión transoceánica en el transcurso de la evolución del grupo, requeridos para explicar su distribución observada. Evaluando el número de eventos de dispersión por linaje y por tiempo, los autores consideran que es significativamente mas baja que en otros clados de helechos.

El trabajo de Korall y Pryer (2014) es la continuación de la investigación de Korall et al. (2007) sobre filogenia de Cyatheaceae. Sus resultados se contrastan con los datos de Janssen et al. (2008) y Schneider et al. (2010) en la explicación de una posible área ancestral de Alsophila y la secuencia de colonización de Madagascar por los linajes de helechos arborescentes, entre otras peculiaridades.

Bibliografía:

Korall, P. y K.M. Pryer. 2014. Global biogeography of scaly tree ferns (Cyatheaceae): evidence for Gondwanan vicariance and limited transoceanic dispersal. Journal of Biogeography 41: 402–413.

Korall, P., D.S. Conant, J.S. Metzgar, H. Schneider y K.M. Pryer. 2007. A molecular phylogeny of scaly tree ferns (Cyatheaceae). American Journal of Botany 94: 873–886.

Janssen, T., N. Bystriakova, F. Rakotondrainibe, D. Coomes, J.N. Labat y H. Schneider. 2008. Neoendemism in Madagascan scaly tree ferns results from recent, coincident diversification bursts. Evolution 62: 1876–1889.

Schneider, H., T. Janssen, N. Byrstiakova, J. Heinrichs, S. Hennequin y F. Rakotondrainibe. 2010. Rapid radiations and neoendemism in the Madagascan biodiversity hotspot. En M. Glaubrecht (ed.). Evolution in Action. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg. Pp. 3-15.

Читать дальше......

Nuestro cartel en el Congreso Mexicano de Botánica

Mañana (21 de octubre del 2013) presento nuestro cartel en el XIX Congreso Mexicano de Botánica con sede en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Tema: Biogeografía de Grammitidaceae en México y Centroamérica
Autores: Viacheslav Shalisko, J. Antonio Vázquez García, Miguel A. Muñiz Castro y Alma Rosa Villalobos Arámbula
Sesión: CA1. BIOGEOGRAFÍA Y BIOLOGÍA EVOLUTIVA - CARTEL 539

Cartel en PDF

Читать дальше......

Ponencia en Seminario de Botánica Sistemática sobre Código de barras de ADN en los helechos

Hoy en seminario de Botánica Sistemática (XXXVI ciclo de Seminarios) presente la ponencia Codigo de barras de ADN aplicado a los helechos: alcances y limitaciones.

Resumen (en pdf) y ponencia (en pdf).

Resumen

La tecnología de código de barras de ADN se convirtió en una de las herramientas poderosas para realizar estudios en sistemática vegetal, ecología, filogeografía, biogeografía y en numerosos ciencias aplicadas relacionados con la biología de plantas. En el caso de los helechos, el uso de código de barras de ADN es particularmente importante, ya que tiene potencial de facilitar la identificación taxonómica tanto de los esporofitos en estado vegetativo, como de gametófitos - fase críptica en el ciclo de vida de pteridofitas.

Las regiones que se utilizan como código de barras de ADN para plantas terrestres fueron aprobadas en 2009 por el Consorcio para Código de Barras de la Vida (CBOL, Consortium for the Barcode of Life) y corresponden a dos loci de ADN de cloroplastos, rbcL y matK. Estas regiones han demostrado variabilidad apropiada para los propósitos de identificación de los taxa (a tal grado que la variabilidad de los haplotipos de cloroplastos puede estar relacionada con los límites entre las especies) y además se obtienen con relativa facilidad en los principales linajes de espermatofitas.

En los helechos, la región matK presenta problemas para secuenciarla por pérdida de los dos exones vecinos de trnK, lo que causa dificultades en su amplificación con los cebadores universales. Fue hasta el año 2011, cuando el desarrollo de los cebadores específicos para la región matK para los helechos permitió su uso exitoso en combinación con rbcL como parte del código de barras de ADN estándar. Adicional a la combinación rbcL-matK, para código de barras para los helechos se ha propuesto el uso de otras regiones de genoma, entre ellas trnL-F, atpB, rps4 y trnH-psbA, estas últimas de utilidad limitada debido a su baja variabilidad en este grupo.

El avance rápido de la tecnología "secuenciación de siguiente generación" (NGS, Next Generation Secuencing) resulta en una disminución sustancial del costo de secuenciación y permite realizar los proyectos individuales de los investigadores que requieren de secuenciación a mediana escala. Una de las aplicaciones prometedoras de la tecnología NGS es la obtención del código de barras, incluyendo las lecturas rutinarias del genoma completo de cloroplastos, que se propuesta como alternativa al código de barras basado en loci.

Bibliografía

Arjen de Groot, G. et al. 2011. Use of rbcL and trnL-F as a two-locus DNA barcode for identification of NW-European ferns: an ecological perspective. PLoS One 6(1): e16371. doi:10.1371/journal.pone.0016371
Hollingsworth, P. M. et al. 2011. Choosing and using a plant DNA barcode. PLoS One 6(5): e19254. doi:10.1371/journal.pone.0019254.
Kuo, L.-Y. et al. 2011. First insights into fern matK phylogeny. Molecular Phylogenetics and Evolution 59: 556-566.
Li, F.-W. et al. 2011. rbcL and matK earn two thumbs up as the core DNA barcode for ferns. PLoS One 6(10): e26597. doi:10.1371/journal.pone.0026597.
Pryer, K. M. et al. 2010. DNA barcoding exposes a case of mistaken identity in the fern horticultural trade. Molecular Ecology Resources 10: 979-985. doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02858.x
Sucher, N. J., J. R. Hennell & M. C. Carles (eds.) 2012. Plant DNA fingerprinting and barcoding: Methods and protocols. Methods in Molecular Biology, vol. 862. Springer Science+Business Media, LLC. 202 p. doi:10.1007/978-1-61779-609-8.
Wolf, P. G. et al. 2011. The evolution of chloroplast genes and genomes in ferns. Plant Molecular Biology 76: 251-261. doi:10.1007/s11103-010-9706-4.

Читать дальше......

О ботанических иллюстрациях

Ботанические (и зоологические) иллюстрации представляют собой воплощение определённого эпистемологического метода, и не относятся ни к жанру абстрактного искусства, ни к жанру фотографически точного отображения реальности. Такие иллюстрации являются схемами живых организмов с проработанными до мельчайших деталей отдельными важными для определения чертами. Поскольку такие черты или признаки признаются диагностическими или нет в зависимости от текущего положения дел в систематике группы, набор этих признаков со временем меняется. В связи с чем меняется и достоверность, реалистичность схематичного представления организма на иллюстрации.

С одной стороны, в отличие от фотографии, данный подход позволяет специфически выделять важные специалистам признаки и сочетать их в пределах одной схемы, часто таким образом, что данное одновременное сочетание признаков может быть затруднительно или невозможно наблюдать в природе. С другой стороны, этот подход оказывается довольно зависим от интерпретации, в первую очередь специалиста систематика, заказавшего иллюстрацию, но не во последнюю очередь и художника, набившего руку и глаз на определённых "значимых" признаках и пропускающего малозначимые.

Очень верно об этом пишет ivanov_petrov (ivanov-petrov.livejournal.com/1841128.html): "[...] на рисунке то, что мы понимаем. Рисунок - выраженное графически понимание. [...]". Читать дальше......

Ponencia en Seminario de Botánica sobre Evolución tectonica de Centroamérica

Hoy presente mi ponencia en este ciclo de seminarios de Botánica Sistemática (XXXV ciclo de Seminarios). Tema de ponencia: Evolución tectónica de Centroamérica y sus implicaciones para la biogeografía.

Ponencia en PDF


Resumen:

La teoría de la tectónica de placas, que se desarrollo a partir de la hipótesis propuesta en 1915 por Alfred Wegener, representa uno de los paradigmas centrales de las Ciencias de la Tierra. Los estudios de la tectónica de placas, realizados en la última década, resultaron en una importante actualización de las reconstrucciones paleogeográficas de la región de México y Centroamérica. Así, Keppie (2004), Weber et al. (2010) rastrean la historia del microcontinente Oaxaquia y de las estructuras relacionadas desde su surgimiento 1.2 Ga en el margen de la Amazonia. Rogers et al. (2007) y Morán-Zenteno et al. (2009) analizan la evolución del bloque Neoproterozoico Chortis, que corresponde al terreno de las actuales Nicaragua y Honduras. La reconstrucción de Pindell et al. (2005), Pindell y Kennan (2009) abarca los últimos 200 Ma de la evolución tectónica regional del Caribe, Golfo de México, Centroamérica y Norte de Sudamérica. Ferrari et al. (2012) analizan la secuencia de eventos volcánicos en la Faja Volcánica Transmexicana desde el Mioceno Temprano.

La inferencia de eventos paleogeográficos en la evolución de la diversidad florística en los Neotrópicos puede ser muy alta, como esta propuesto, por ejemplo, en el análisis de Gentry (1982). La reconstrucción actualizada de la secuencia de eventos paleogeográficos y paleoclimáticos en los Neotrópicos forma la base para una nueva síntesis biogeográfica, los elementos de esa síntesis en la aplicación a la evolución de la flora están trazados en Hughes et al. (2013).

Bibliografía selecta:

Ferrari, L. et al. 2012. The dynamic history of Trans-Mexican Volcanic Belt and the Mexico Subduction Zone. Tectonophysics 522-523: 122-149.

Gentry, A. H. 1982. Neotropical floristic diversity: Phytogeographical connections between Central and South America, Pleistocene climate fluctuations, or an accident of Andean orogeny? Annals of the Missouri Botanical Garden 69(3): 557-593.

Hughes, C. J. et al. 2013. Neotropical Plant Evolution: Assembling the Big Picture. Botanical Journal of the Linnean Society 171: 1–18.

Keppie, D. 2004. Terranes of Mexico Revisited: A 1.3 Billion Year Odyssey. International Geology Review 46: 765–794.

Morán-Zenteno, D. J. et al. 2009. Reassessment of the Paleogene position of the Chortis block relative to southern Mexico: hierarchical ranking of data and features. Revista Mexicana de Ciencias Geológicas  2(1): 177-188.

Pindell, J. L. et al. 2005. Plate-kinematics and crustal dynamics of circum-Caribbean arc-continent interactions: Tectonic controls on basin development in Proto-Caribbean margins. The Geological Society of America Special Paper  394: 7-52.

Pindell, J. L. y L. Kennan. 2009. Tectonic evolution of the Gulf of Mexico, Caribbean and northern South America in the mantle reference frame: an update. Geological Society, London, Special Publications 328: 1-55.

Rogers, R. D. et al. 2007. Tectonic terranes of the Chortis block based on integration of regional aeromagnetic and geologic data. The Geological Society of America Special Paper 428: 65-88.

Weber, B et al. 2010. U–Pb and Lu–Hf isotope systematics of lower crust from central-southern Mexico – Geodynamic significance of Oaxaquia in a Rodinia Realm. Precambrian Research 182: 149–162.

Читать дальше......

Bayesian phylogenetic analysis of Grammitidaceae

Materials for reconstruction of Grammitidaceae phylogeny (part of my current research). 

First attempt with cpDNA (rbcL, atpB, trnL-F) for 217 samples from GenBank using Bayesian inference. 

Tools: MrBayes 3.2.1 x64 + BEAGLE, jModelTest 2.1.3, Geneious 6.0.6 Trial, FigTree 1.4.0, Tracer 1.5, (+ BEAST for molecular clock tests, not included to this post).

Options: models selected with Akaike information criteria (atpB = TVM+I, rbcL = TrN+I, trnL-F = K80+I); 15·10⁶  generations in Markov chain Monte Carlo sampling, 10% burn-in, 27000 resulting trees, tree selection criteria Posterior Probability > 0.5.

Resulting tree looks like nice, but there are some basal polytomy and many of basal nodes are weakly supported. Reconstruction for New World genera looks compartible with published papers, but topology for genera from Tropical Asia seems to be an atrifact of poor sampling (according to M.Sun. comments). Not so bad for first attempt, after all.

Some pictures below.

Consensus tree.

Unrooted graph and some Tracer output

Allignment in Genious 6, using Muscle algorithm and manual ajustment.

P.S. Another consensus tree, afeter some severe problems in trnL-F allingment were resolved.

Читать дальше......

Ponencia en Seminario de Botánica sobre sistemática de helechos

Hoy presente una ponencia en XXXIV Ciclo de Seminarios de Botánica Sistemática del Instituto de Botánica de la Universidad de Guadalajara. El tema de mi ponencia fue "Nueva Propuesta de clasificación para los helechos leptosporangiados del clado Eupolypods II y su radiación en el Cenozoico". Presentación se basó en revisión de recientes articulos de Rothwels et al. (2012 a, b), con referencias a clasificación de Smith et al. (2006).

Resumen:

Las relaciones filogenéticas de los helechos y las plantas afines fueron profundamente revisadas durante la última década, utilizando los datos moleculares y morfológicos (e. g. Smith et al. 2006, Schneider et al. 2009). La nueva hipótesis sobre las relaciones filogenéticas fue base para clasificación, propuesta en Smith et al. (2006). Sin embargo, la evolución en el orden Polypodiales, el más diverso de los helechos con ~7230 especies no fue reconstruida con una resolución satisfactoria. El reciente trabajo del grupo de Rothfels (2012a, 2012b) está enfocado a uno de los principales linajes en Polypodiales, conocido como Eupolypods II. La nueva hipótesis filogenética, propuesta por estos autores para este grupo, implica modificaciones en clasificación a nivel de familias.

Durante la reconstrucción de las relaciones entre los miembros de Eupolypods II, los investigadores han resuelto una compleja situación filogenética, relacionada con la rápida divergencia entre los linajes en los inicios del Cenozoico. La rápida diversificación de los miembros de Polypodiales durante el Cenozoico, es determinante para la actual diversidad de los helechos leptosporangiados (Shcuettpelz y Pryer 2009). Esta diversificación puede estar relacionada con el surgimiento de nuevos nichos ecológicos en los bosques dominados por angiospermas. Sin embargo, en la historia evolutiva de los helechos leptosporangiados, que inició hace 350 Ma en el Carbonifero, se reconocen por lo mínimo tres episodios de diversificación y radiación que han sucedido sucesivamente, combinados con las extinciones posteriores. Solo la última radiación puede estar vinculada con la ocupación de los nichos en ecosistemas dominados por angiospermas.

Bibliografía:
• Rothfels et al. 2012a. A revised family-level classification for Eupolypod II ferns (Polypodiidae: Polypodiales). Taxon 61(3): 515-533.
• Rothfels et al. 2012b. Overcoming deep roots, fast rates, and short internodes to resolve the ancient rapid radiation of Eupolypod II ferns. Syst. Biol. 61(3): 490-509.
• Schneider et al. 2009. Is morphology really at odds with molecules in estimating fern phylogeny? Syst. Bot. 34(4): 455-475.
• Shcuettpelz y Pryer 2009. Evidence for a Cenozoic radiation of ferns in an angiospermdominated canopy. PNAS 106(27): 11200-11205.
• Smith et al. 2006. A classification for extant ferns. Taxon 55(3): 705-731.


Resumen en PDF   Ponencia en PDF Читать дальше......

Historia de teoría de simbiogénesis: Margulis vs. Mereschkovsky y Kozo-Polyansky

La teoría de endosimbiosis hoy el día está plenamente reconocida como parte de paradigma de evolución de las eucariotas. Esta teoría frecuentemente se atribuye a evolucionista estadounidense Lynn Margulis (1938-2011), quien desarrollo su hipótesis sobre evolución de células eucarióticas en los finales de 1960-s. Esta teoría la hizo muy famosa. Pero en principio no fue fácil para ella lograr que comunidad científica aceptaba su propuesta; antes de ser publicada en 1967, el articulo original fue rechazado en 15 revistas científicas respetables.

Lynn Margulis (1938-2011)

Konstantin Mereschkovsky (1855-1921)

 Para Lynn Margulis en 1967 paso inadvertido el hecho, de que su propuesta no fue completamente nueva para la ciencia. Al revisar con mayor detalle historia de este descubrimiento, no se puede omitir contribución de varios científicos de los finales del siglo XIX - inicios del siglo XX. Hoy el dia está claro que prioridad de este descubrimiento no pertenece a Lynn Margulis.

Boris Kozo-Polyansky (1890-1957)

En particular la hipótesis sobre endosimbiósis de cloroplastos fue inicialmente publicada por científico ruso Konstantin Mereschkovsky (Константин Сергеевич Мережковский) en el año 1905. El botánico ruso Boris Kozo-Polyansky (Борис Михайлович Козо-Полянский) seguio desarrollando las ideas de enbosimbiósis y simbiogénesis como un principio fundamental de la evolución, publicando en 1924 el libro: "Symbiogenesis: A New Principle of Evolution".
(La reciente traducción de este libro a ingles, editado por Victor Fet y Lynn Margulis, fue publicado en 2010 libro en amazon.com libro en Google Books ).

Esquema de las etapas de simbiogénesis, dibujo de Kathryn Delisle citado en varios trabajos de L. Margulis.

 Misma Lynn Margulis posteriormente reconocía prioridad de K. Mereschkovsky y B. Kozo-Polyansky sobre concepto de endosimbiósis y su papel en la evolución. Margulis supo por primera vez sobre existencia de los autores rusos que la han adelantado con la teoría de simbiogénesis solo en 1975, cuando ella fue invitada a una conferencia en Leningrado (URSS, actualmente San Petersburgo), organizado por conocido botánico Armen Takhtajan.

 Fragmento de reseña de la publicación del libro de Kozo-Polyansky en 2010 Manjaarez, A. 2010. Symbiogenesis: A New Principle of Evolution Dusting Off an Ancient B. Lab Times 5: 70:

Some years later, in 1975, she and Peter Raven, a botanist and also a supporter of this theory, were invited to a panel session in Leningrad about the origins of chloroplasts, organised by the Armenian-Russian botanist Armen Takhtajan. It was then, Margulis and Raven plausibly assert, that they heard about Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky for the first time. 

 Fragmento de la entrevista de Lynn Margulis a Discover Magazine:

Dick Teresi: In contrast, the symbiotic view of evolution has a long lineage in Russia, right?

Lynn Margulis: From the very beginning the Russians said natural selection was a process of elimination and could not produce all the diversity we see. They understood that symbiogenesis was a major source of innovation, and they rejected Darwin. If the English-speaking world owns natural selection, the Russians own symbiogenesis. In 1924, this man Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky wrote a book called Symbiogenesis: A New Principle of Evolution, in which he reconciled Darwin’s natural selection as the eliminator and symbiogenesis as the innovator. Kozo-Polyansky looked at cilia—the wavy hairs that some microbes use to move—and said it is not beyond the realm of possibility that cilia, the tails of sperm cells, came from “flagellated cytodes,” by which he clearly meant swimming bacteria.

Fragmento del capitulo 7 de libro de Lynn Margulis "Una Revolución en la Evolución", autor del capitulo Antonio Lazcano Araujo, libro publicado en español por Universidad de Valencia, 2003.


Estas ideas, aunque marginales, habrían de tener rаmifiсаciones lejanas. А principios del siglo ХХ, у аun antes de que existiera un esquema minimamente coherente sobre lа evolución de los procariontes, los rusos Konstantin S. Merezhkovsky, Andrei S. Famintsyn у Boris М. Kozo-Polyanski [...] propusieron еn fоrmа independiente escenarios evolutivos que pretendian explicar еl origen de las celulas animales у vegetales afirmando que mitocondrias, cloroplastos у algunas otras estructuras de los eucariontes еrап resultado de procesos de simbiosis (Khakhina 1979). Aunque durante muchos anos permanecieron desconocidos роr el mundo academico occidental, llevada роr su extraordinaria honestidad intelectual Lynn Margulis ha promovido у divulgado tanto las aportaciones de Merezhkovsky, Famintsyn у Kozo-Polyanski, соmо los trabajos del estadounidense Ivan Е. Wallin, a los que rесоnосе у reinvidica соmо sus predecesores cientificos (véase, роr ejemplo, Margulis 1991а о еl capitulo 6).

Es verdad que Margulis conocia, de mаnеrа indirecta, аlgunas de las hipótesis de Merezhkovsky у Wallin (Sagan 1967) у que hubo otras propuestas sobre еl origen de los еucariontes mas о menos simultaneas а su teoria (Goksoyr 1967). Sin embargo, es igualmente cierto que las propuestas de Merezhkovsky, Famintsyn у Kozo-Polyanski осираbаn un lugar marginal еn lа biologia rusa (Sapp 1995), у que se tratabа, еn buеnа medida, de especulaciones basadas еn muу pocas

observaciones empiricas. Merezhkovsky, роr ejemplo, nиnса habló еn fоrmа explicita del origen de las mitocondrias, cuyas funciones ignoraba, у еn un folleto publicado en 1909, afirmó que los seres vivos estaban formados роr dos plasmas celulares de origen independiente, i.e., еl micoplasmа, que habia dado origen а hongos, bacterias у organulos celulares, у el amiboplasma, perfectamente visible en las аmеbas, de donde habrian surgido plantas у animales (Khakhina 1979). А pesar de las ambiguedades de un esquema esencialmente especulativo, раrа Merezhkovsky еl amiboplasma соnstituia еl precursor evolutivo de lo que hoy llamamos nuсlеоcitoplasma [...]

En 2010 Margulis publico un articulo sobre contribución de los científicos rusos en desarrollo de la teoría de simbiogénesis, donde se menciona que trabajos de estos autores rusos quedaron fuera de alcance de muchos de los científicos anglófonos.
Margulis, L. 2010. Symbiogenesis. A New Principle of Evolution Rediscovery of Boris Mikhaylovich Kozo- Polyansky (1890–1957). Paleontological Journal 44(12): 1525–1539. Mismo articulo esta incluido en paginas 34-45 de los materiales de conferencia Charles Darwin and Modern Biology. Proceedings of the International Academic Conference 21–23 September, 2009. Saint-Petersburg.

 Mas sobre la tema:
 Nota sobre vida de Lynn Margulis:
Knoll, A. H. 2012. Lynn Margulis, 1938–2011. PNAS 109(4): 1022.

Articulo de Lynn Margulis sobre simbiogénesis y estatus actual de su teoría:
Margulis, L. 2004. Serial endosymbiotic theory (SET) and composite individuality Transition from bacterial to eukaryotic genomes. Mirobiology Today 31: 172-174.


Articulo sobre Konstantin Mereschkovsky y sus ideas:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15045832 Sapp, J., F. Carrapiço, M. Zolotonosov. 2002. Symbiogenesis: The Hidden Face of Constantin Merezhkowsky. Hist. Phil. Life Sci. 24: 413-440. Читать дальше......

Potentiality of carbon capture in San Andres forest communities is the longest projects I ever participated. Five years after it's beginnig, still I should develop something related to it, though generally this project was not a successful one. Читать дальше......

Abies guatemalensis-religiosa-hickleii complex

Conos de Abies del Occidente de México.

Materiales de trabajo de un proyecto relacionado con análisis de Abies en el Occidente de México. La tabla fue armada en base de la selección de los especímenes con estrobilos femeninos de los herbarios IBUG y GUADA. Los conos están en misma escala, los de esquina izquierda inferior están inmaduros.

Читать дальше......

ReBiOMex 1.4.1

Red de Biodiversidad del Occidente de México [ReBiOMex] versión 1.4.1 BETA — http://rebiomex.org. Por fin instalado en un servidor de acceso público.

Proyecto que estoy llevando a cabo durante últimos 3-4 años. Todavía esta muy lejos de ser concluido, falta mucho mas que la mitad de la implementación. Pero todas las funciones básicas (interfaces de consulta y captura de datos sobre los especímenes de colecciones) ya están disponibles.

P. S. Tal vez, proyecto nació muerto, ya que no veo intenciones de los investigadores de las instituciones "participantes" de acercarse con esto, tal vez, nadie va a utilizar esta sistema. Menos en su forma actual, cuando falta tanto y no hay recursos para hacerlo.

P. P. S. Fue creado un blog (http://blog.rebiomex.org) para facilitar comunicación entre los miembros de equipo y usuarios de sistema.

Читать дальше......

ReBiOMex 1.4

ReBiOMex es un proyecto que estamos desarrollando últimos 4 años. Hoy presentaba la ponencia ReBiOMex: Metodos de consulta, captura y verificación de informacion, como parte del XXIX ciclo de seminarios de botánica sistematica en CUCBA, UdeG. La ponencia considero exitosa. A propósito, el servidor con base de datos ver. 1.4 esta funcionando otra vez, pero por el momento queda disponible solo en el mismo Centro Universitario. Читать дальше......

Поездка на тихоокеанское побережье в зону Marismas Nacionales

Состоялась четырёхдневная поездка в штат Найарит (Nayarit) для изучения состояния мангров обширной прибрежной зоны. Останавливались в городке Tuxpan. Это уже вторая поездка в эту зону, но в прошлый раз были южнее и ночевали в Santiago Ixcuintla.

Подтверждена дизъюнкция в ареале Bravaisia integerrima, этот вид древесных растений действительно встречается в зоне Marismas Nacionales, а затем пропадает в Jalisco, и на юге обнаруживается в штате Colima.

Читать дальше......

Проект Las Cruces

Las Cruces это название проектируемой гидроэлектростанции на границе штатов Найарит (Nayarit) и Дуранго (Durango) в Западной Мексике. Её планируют построить на реке Сан Педро (San Pedro). Перед воплощением такого рода проектов, проектов которые предполагают очень значительные локальные изменения окружающей среды, проводится длительная подготовка, в частности изучается характер землепользования в прошедшие десятилетия. Для этого привлекаются разные источники, в том числе карты растительности, полученные на основе анализа данных дистанционного зондирования (remote sensing).

Случилось так, что в последние два-три года я стал часто участвовать в работах по изготовлению карт растительности на основе анализа спутниковых фотографий. Las Cruces — последний к настоящему моменту проект такого рода. Что-то нужно сделать к концу января, а что-то — к марту. Поэтому сейчас я время от времени занимаюсь этим.

У меня двойственное отношение к таким проектам. С одной стороны, я понимаю необходимость развития энергетической инфраструктуры, преимущества гидроэлектростанций как "зелёного" метода получения электроэнергии, с другой — меня не может не беспокоить разрушение местообитаний растений и животных, связанное с затоплением ущелий и изменением гидрологического режима территории.

Казалось бы, всё просто. Мексиканские гидроэлектростанции имеют общую мощность более 11 ГВт, и в год производят около 47 тераватт-часов энергии, что составляет приблизительно 22% от всего производства энергии в этой стране (CFE). Если бы эта электроэнергия была получена из ископаемого топлива, потребовалось бы сжечь более 19 миллионов тонн угля, или эквивалентный объём нефтепродуктов/газа. А значит, в атмосферу попало бы 49 миллионов тонн двуокиси углерода, или даже больше (1). Я слышал что это плохо влияет на климат. К вопросу влияния на климат я вернусь в другой раз, но в отношении преимуществ генерации энергии из возобновляемых источников существует полная ясность.

Однако, в связи с проектом Las Cruces оказываются затронуты массивы сезонного тропического леса (selva baja caducifolia), столь характерного для горных ущелий на тихоокеанском побережье. Участь тропического леса печальна, но наиболее тревожно не это, а влияние на зону мангров Marismas Nacionales (которую предполагают превратить в природоохранную зону). Изменение гидрологического режима реки Сан Педро наверняка приведёт к изменениям в её дельте, а это непременно скажется на обширных мангровых зарослях, весьма чувствительных к трудноконтролируемым факторам, таким как солёность воды или концентрация растворенного в воде кислорода. У меня нет уверенности что эффект будет исключительно негативным для мангров. Но изменения растительности в прибрежной зоне обязательно будут. Чтобы разобраться, как изменялась растительность в последние десятилетия, каковы тенденции этих изменений (а они всегда выражаются в сокращении площади естественной растительности) анализируем данные дистанционного зондирования доступные с начала 70-х годов.

Читать дальше......