Publimetro del día de hoy con portada en ruso.
http://www.publimetro.com.mx/
http://www.readmetro.com/en/mexico/guadalajara/
http://vshalisko.blogspot.com/2013/09/el-publimetro-httpwww.html
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Sep 9, 2013
El Publimetro (http://www.publimetro.com.mx/) del dia de hoy salio con portada en ruso. Tanto en Guadalajara, como en D.F. y Monterrey. Mi trabajo.
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Sep 7, 2013
El libro de F.
El libro de F. Moreno Fernández "Atlas de la lengua española en el mundo" puede ser útil para personas quien desean conocer la diversidad lingüistica mundial, historia del español en el contexto de lenguas indo-europeas y el proceso de dispersión del español en el mundo.
Un libro disponible en forma gratuita en Google Books.
https://market.android.com/details?id=book-yrUSulWCJxUC Читать дальше......
Un libro disponible en forma gratuita en Google Books.
https://market.android.com/details?id=book-yrUSulWCJxUC Читать дальше......
Sep 6, 2013
Recent revealing of US and UK efforts in deliberate weakening of civil cryptographic systems just confirms the well...
Recent revealing of US and UK efforts in deliberate weakening of civil cryptographic systems just confirms the well known fact: no one can trust proprietary or "closed"-source software in aspect of privacy and security. Though use of Open Source software and open systems could be a solution of this problem. Bruce Schneier give some useful tips. But it seems to be a bit difficult to maintain private communication, due to the fact you cannot force other people to use same secure tools. Even it is illegal to use cryptography without "backdoors" in some countries like Russia.
By the way, most of people do not care on personal privacy. Obviously, if you store your files and mail in "cloud" service provided by Google, Microsoft or other company, with slight encryption or without any - you should understand that this information could potentially become public. But seems, there is no problem of this for the mayor part of Internet users.
El Pais: EE UU recurre a una gran conspiración para minar la privacidad en Internet
(http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html)
The Guardian: Bruce Schneier. The US government has betrayed the internet. We need to take it back
(http://www.theguardian.com/commentisfree/2013/sep/05/government-betrayed-internet-nsa-spying)
The Guardian: Bruce Schneier. NSA surveillance: A guide to staying secure
(http://www.theguardian.com/world/2013/sep/05/nsa-how-to-remain-secure-surveillance)
http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html Читать дальше......
By the way, most of people do not care on personal privacy. Obviously, if you store your files and mail in "cloud" service provided by Google, Microsoft or other company, with slight encryption or without any - you should understand that this information could potentially become public. But seems, there is no problem of this for the mayor part of Internet users.
El Pais: EE UU recurre a una gran conspiración para minar la privacidad en Internet
(http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html)
The Guardian: Bruce Schneier. The US government has betrayed the internet. We need to take it back
(http://www.theguardian.com/commentisfree/2013/sep/05/government-betrayed-internet-nsa-spying)
The Guardian: Bruce Schneier. NSA surveillance: A guide to staying secure
(http://www.theguardian.com/world/2013/sep/05/nsa-how-to-remain-secure-surveillance)
http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html Читать дальше......
Aug 29, 2013
May 8, 2013
Ponencia en Seminario de Botánica sobre Evolución tectonica de Centroamérica
Hoy presente mi ponencia en este ciclo de seminarios de Botánica Sistemática (XXXV ciclo de Seminarios). Tema de ponencia: Evolución
tectónica de Centroamérica y sus implicaciones para la biogeografía.
Ponencia en PDF
Resumen:
Ponencia en PDF
Resumen:
La
teoría de la tectónica de placas, que se desarrollo a partir de la hipótesis
propuesta en 1915 por Alfred Wegener, representa uno de los paradigmas
centrales de las Ciencias de la Tierra. Los estudios de la tectónica de placas,
realizados en la última década, resultaron en una importante actualización de las
reconstrucciones paleogeográficas de la región de México y Centroamérica. Así, Keppie
(2004), Weber et al. (2010) rastrean la historia del microcontinente Oaxaquia y
de las estructuras relacionadas desde su surgimiento 1.2 Ga en el margen de la Amazonia.
Rogers et al. (2007) y Morán-Zenteno et al. (2009) analizan la evolución del
bloque Neoproterozoico Chortis, que corresponde al terreno de las actuales
Nicaragua y Honduras. La reconstrucción de Pindell et al. (2005), Pindell y
Kennan (2009) abarca los últimos 200 Ma de la evolución tectónica regional del
Caribe, Golfo de México, Centroamérica y Norte de Sudamérica. Ferrari et al.
(2012) analizan la secuencia de eventos volcánicos en la Faja Volcánica
Transmexicana desde el Mioceno Temprano.
La inferencia
de eventos paleogeográficos en la evolución de la diversidad florística en los Neotrópicos
puede ser muy alta, como esta propuesto, por ejemplo, en el análisis de Gentry
(1982). La reconstrucción actualizada de la secuencia de eventos paleogeográficos
y paleoclimáticos en los Neotrópicos forma la base para una nueva síntesis
biogeográfica, los elementos de esa síntesis en la aplicación a la evolución de
la flora están trazados en Hughes et al. (2013).
Bibliografía selecta:
Ferrari, L. et al.
2012. The dynamic history of Trans-Mexican Volcanic Belt and
the Mexico Subduction Zone. Tectonophysics
522-523: 122-149.
Gentry, A. H. 1982. Neotropical
floristic diversity: Phytogeographical connections between Central and South
America, Pleistocene climate fluctuations, or an accident of Andean orogeny? Annals of the Missouri Botanical Garden 69(3): 557-593.
Hughes, C. J. et al. 2013.
Neotropical Plant Evolution: Assembling the Big Picture. Botanical Journal of the Linnean Society 171: 1–18.
Keppie, D. 2004. Terranes of
Mexico Revisited: A 1.3 Billion Year Odyssey. International Geology Review
46: 765–794.
Morán-Zenteno,
D. J. et al. 2009. Reassessment of the Paleogene
position of the Chortis block relative to southern Mexico: hierarchical ranking
of data and features. Revista Mexicana de
Ciencias Geológicas 2(1):
177-188.
Pindell, J. L. et
al. 2005. Plate-kinematics and crustal dynamics of circum-Caribbean
arc-continent interactions: Tectonic controls on basin development in
Proto-Caribbean margins. The Geological Society of America Special Paper 394: 7-52.
Pindell, J. L. y L.
Kennan. 2009. Tectonic evolution of the Gulf of Mexico,
Caribbean and northern South America in the mantle reference frame: an update. Geological
Society, London, Special Publications 328: 1-55.
Rogers, R. D. et al. 2007. Tectonic terranes of the Chortis block based
on integration of regional aeromagnetic and geologic data. The Geological Society of America Special Paper 428: 65-88.
Weber,
B et al. 2010. U–Pb and Lu–Hf isotope systematics of lower crust from
central-southern Mexico – Geodynamic significance of Oaxaquia in a Rodinia
Realm. Precambrian Research 182: 149–162.
Apr 28, 2013
Bayesian phylogenetic analysis of Grammitidaceae
Materials for reconstruction of Grammitidaceae phylogeny (part of my current research).
First attempt with cpDNA (rbcL, atpB, trnL-F) for 217 samples from GenBank using Bayesian inference.
Tools: MrBayes 3.2.1 x64 + BEAGLE, jModelTest 2.1.3, Geneious 6.0.6 Trial, FigTree 1.4.0, Tracer 1.5, (+ BEAST for molecular clock tests, not included to this post).
Options: models selected with Akaike information criteria (atpB = TVM+I, rbcL = TrN+I, trnL-F = K80+I); 15·10⁶ generations in Markov chain Monte Carlo sampling, 10% burn-in, 27000 resulting trees, tree selection criteria Posterior Probability > 0.5.
Resulting tree looks like nice, but there are some basal polytomy and many of basal nodes are weakly supported. Reconstruction for New World genera looks compartible with published papers, but topology for genera from Tropical Asia seems to be an atrifact of poor sampling (according to M.Sun. comments). Not so bad for first attempt, after all.
Some pictures below.
Consensus tree.
Unrooted graph and some Tracer output
Allignment in Genious 6, using Muscle algorithm and manual ajustment.
P.S. Another consensus tree, afeter some severe problems in trnL-F allingment were resolved.
Apr 9, 2013
Mar 17, 2013
Paleobathymetry data preparation How-To
You can download Dietmar Muller & Maria Seton (2008) data on paleobathymetry and oceanic crust age during last 140 Ma at http://www.earthbyte.org/Resources/palaeoagegrid2008.html
1. Extract contents of age_depth_bath_0.bz2 with any suitable archivier (like 7-zip).
2. Using Open Source tool set GMT (General Mapping Tools, http://gmt.soest.hawaii.edu/) ver. 4.5.9 64-bits (Windows 8) to process data.
Set table data delimiter:
gmtset.exe FIELD_DELIMITER=,
1. Extract contents of age_depth_bath_0.bz2 with any suitable archivier (like 7-zip).
2. Using Open Source tool set GMT (General Mapping Tools, http://gmt.soest.hawaii.edu/) ver. 4.5.9 64-bits (Windows 8) to process data.
Set table data delimiter:
gmtset.exe FIELD_DELIMITER=,
Extract three columns of data from table to make XYZ format ASCII file:
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv
Fore some reason, xyz2grd produce inverse projected grid (south-north is switched), so it is necessary to make nagative values of latitude in table:
gmtmath.exe -C1 -V age_0.csv NEG = age_0i.csv
gmtmath.exe -C1 -V age_0.csv NEG = age_0i.csv
Convert to netCDF grid of floating point values:
xyz2grd.exe age_0i.csv -Gage_0.flt=nf -N0 -Rd -I0.1 -V
Add header to this grid:
File age_0.hdr
ncols 3601
nrows 1801
xllcorner -198
yllcorner -90
cellsize 0.1
nodata_value 0
NODATA 0
3. Open in GIS application, set projection (geographic with datum WGS-1984), save in suitable format (GeoTiff), calculate statistics and pyramid layers.
For bathymetry data estract firth column instead of third from original table.
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv
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xyz2grd.exe age_0i.csv -Gage_0.flt=nf -N0 -Rd -I0.1 -V
Add header to this grid:
File age_0.hdr
ncols 3601
nrows 1801
xllcorner -198
yllcorner -90
cellsize 0.1
nodata_value 0
NODATA 0
3. Open in GIS application, set projection (geographic with datum WGS-1984), save in suitable format (GeoTiff), calculate statistics and pyramid layers.
For bathymetry data estract firth column instead of third from original table.
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv
Mar 11, 2013
Ponencia sobre Cambio Climático en cine-foro estudiantil, CUCBA, Universidad de Guadalajara.
pinencia en PDF
Bibliografia selecta:
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pinencia en PDF
Bibliografia selecta:
- Adams. 2008. Vegetation-climate interactions. How plants make the global environment. 2nd ed. Springer. Praxis Publishing. 266 pp.
- Cox & Jones. 2008. Illuminating the modern dance of climate and CO2. Science 321: 1642-1644.
- Friedman (ed.) 2009. Climate change . Writing the critical essay, an opposing viewpoints guide. Gale. Cengage Learning. 128 pp.
- Gornitz (ed.) 2009. Encyclopedia of paleoclimatology & ancient environments. Springer Science, Business Media B. V. 1048 pp.
- Hansen et al. 2008. Target atmospheric CO2: where should humanity aim? The Open Atmospheric Science Journal 2: 217-231.
- Huntingford et al. 2013. Simulated resilience of tropical rainforest to CO2-induced climate change. Nature Geoscience doi:10.1038/ngeo1741
- IPCC. 2007. Climate Change 2007. The Physical Science Basis. Contribution of Working Group I to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Solomon, S., D. Qin, M. Manning, Z. Chen, M. Marquis, K.B. Averyt, M. Tignor and H.L. Miller (eds.). Cambridge University Press. 996 pp.
- Kiehl. 2011. Lessons from Earth´s past. Science 331: 158-159.
- Marcott et al. 2013. A reconstruction of regional and global temperature for the past 11,300 years. Science 339: 1198-1201.
- Melles et al. 2012. 2.8 millions years of Arctic climate change from lake El’Gygytgyn, NE Russia. Science 337: 315-320.
- Severinghaus et al. 2009. Oxygen-18 of O2 records the impact of abrupt climate change on the terrestral biosphere. Science 324: 1431-1434.
- Steffenson et al. 2008. High-resolution Greenland ice core data show abrupt climate change happens in few years. Science 321: 680-683.
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Feb 27, 2013
О физическом вакyуме и стабильности Вселенной. Забавное обсуждение в комментариях.
О физическом вакyуме и стабильности Вселенной. Забавное обсуждение в комментариях.
http://elementy.ru/LHC/news?discuss=431980
Degrassi et al. 2012. Higgs mass and vacuum stability in the Standard Model at NNLO. arXiv:1205.6497v1.
Abstract: http://arxiv.org/abs/arXiv:1205.6497
Полный текст (http://arxiv.org/pdf/1205.6497v1.pdf) на любителя.
http://elementy.ru/news/431980?page_design=print Читать дальше......
http://elementy.ru/LHC/news?discuss=431980
Degrassi et al. 2012. Higgs mass and vacuum stability in the Standard Model at NNLO. arXiv:1205.6497v1.
Abstract: http://arxiv.org/abs/arXiv:1205.6497
Полный текст (http://arxiv.org/pdf/1205.6497v1.pdf) на любителя.
http://elementy.ru/news/431980?page_design=print Читать дальше......
Sep 12, 2012
Ponencia en Seminario de Botánica sobre sistemática de helechos
Hoy presente una ponencia en XXXIV Ciclo de Seminarios de Botánica Sistemática del Instituto de Botánica de la Universidad de Guadalajara. El tema de mi ponencia fue "Nueva Propuesta de clasificación para los helechos leptosporangiados del clado Eupolypods II y su radiación en el Cenozoico". Presentación se basó en revisión de recientes articulos de Rothwels et al. (2012 a, b), con referencias a clasificación de Smith et al. (2006).
Resumen:
Bibliografía:
• Rothfels et al. 2012a. A revised family-level classification for Eupolypod II ferns (Polypodiidae: Polypodiales). Taxon 61(3): 515-533.
• Rothfels et al. 2012b. Overcoming deep roots, fast rates, and short internodes to resolve the ancient rapid radiation of Eupolypod II ferns. Syst. Biol. 61(3): 490-509.
• Schneider et al. 2009. Is morphology really at odds with molecules in estimating fern phylogeny? Syst. Bot. 34(4): 455-475.
• Shcuettpelz y Pryer 2009. Evidence for a Cenozoic radiation of ferns in an angiospermdominated canopy. PNAS 106(27): 11200-11205.
• Smith et al. 2006. A classification for extant ferns. Taxon 55(3): 705-731.
Resumen en PDF Ponencia en PDF Читать дальше......
Resumen:
Las relaciones filogenéticas de los helechos y las plantas afines fueron profundamente revisadas durante la última década, utilizando los datos moleculares y morfológicos (e. g. Smith et al. 2006, Schneider et al. 2009). La nueva hipótesis sobre las relaciones filogenéticas fue base para clasificación, propuesta en Smith et al. (2006). Sin embargo, la evolución en el orden Polypodiales, el más diverso de los helechos con ~7230 especies no fue reconstruida con una resolución satisfactoria. El reciente trabajo del grupo de Rothfels (2012a, 2012b) está enfocado a uno de los principales linajes en Polypodiales, conocido como Eupolypods II. La nueva hipótesis filogenética, propuesta por estos autores para este grupo, implica modificaciones en clasificación a nivel de familias.
Durante la reconstrucción de las relaciones entre los miembros de Eupolypods II, los investigadores han resuelto una compleja situación filogenética, relacionada con la rápida divergencia entre los linajes en los inicios del Cenozoico. La rápida diversificación de los miembros de Polypodiales durante el Cenozoico, es determinante para la actual diversidad de los helechos leptosporangiados (Shcuettpelz y Pryer 2009). Esta diversificación puede estar relacionada con el surgimiento de nuevos nichos ecológicos en los bosques dominados por angiospermas. Sin embargo, en la historia evolutiva de los helechos leptosporangiados, que inició hace 350 Ma en el Carbonifero, se reconocen por lo mínimo tres episodios de diversificación y radiación que han sucedido sucesivamente, combinados con las extinciones posteriores. Solo la última radiación puede estar vinculada con la ocupación de los nichos en ecosistemas dominados por angiospermas.
Bibliografía:
• Rothfels et al. 2012a. A revised family-level classification for Eupolypod II ferns (Polypodiidae: Polypodiales). Taxon 61(3): 515-533.
• Rothfels et al. 2012b. Overcoming deep roots, fast rates, and short internodes to resolve the ancient rapid radiation of Eupolypod II ferns. Syst. Biol. 61(3): 490-509.
• Schneider et al. 2009. Is morphology really at odds with molecules in estimating fern phylogeny? Syst. Bot. 34(4): 455-475.
• Shcuettpelz y Pryer 2009. Evidence for a Cenozoic radiation of ferns in an angiospermdominated canopy. PNAS 106(27): 11200-11205.
• Smith et al. 2006. A classification for extant ferns. Taxon 55(3): 705-731.
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Sep 9, 2012
Historia de teoría de simbiogénesis: Margulis vs. Mereschkovsky y Kozo-Polyansky
La teoría de endosimbiosis hoy el día está plenamente reconocida como parte de paradigma de evolución de las eucariotas. Esta teoría frecuentemente se atribuye a evolucionista estadounidense Lynn Margulis (1938-2011), quien desarrollo su hipótesis sobre evolución de células eucarióticas en los finales de 1960-s. Esta teoría la hizo muy famosa. Pero en principio no fue fácil para ella lograr que comunidad científica aceptaba su propuesta; antes de ser publicada en 1967, el articulo original fue rechazado en 15 revistas científicas respetables.
Para Lynn Margulis en 1967 paso inadvertido el hecho, de que su propuesta no fue completamente nueva para la ciencia. Al revisar con mayor detalle historia de este descubrimiento, no se puede omitir contribución de varios científicos de los finales del siglo XIX - inicios del siglo XX. Hoy el dia está claro que prioridad de este descubrimiento no pertenece a Lynn Margulis.
En particular la hipótesis sobre endosimbiósis de cloroplastos fue inicialmente publicada por científico ruso Konstantin Mereschkovsky (Константин Сергеевич Мережковский) en el año 1905. El botánico ruso Boris Kozo-Polyansky (Борис Михайлович Козо-Полянский) seguio desarrollando las ideas de enbosimbiósis y simbiogénesis como un principio fundamental de la evolución, publicando en 1924 el libro: "Symbiogenesis: A New Principle of Evolution".
(La reciente traducción de este libro a ingles, editado por Victor Fet y Lynn Margulis, fue publicado en 2010 libro en amazon.com libro en Google Books ).
Misma Lynn Margulis posteriormente reconocía prioridad de K. Mereschkovsky y B. Kozo-Polyansky sobre concepto de endosimbiósis y su papel en la evolución. Margulis supo por primera vez sobre existencia de los autores rusos que la han adelantado con la teoría de simbiogénesis solo en 1975, cuando ella fue invitada a una conferencia en Leningrado (URSS, actualmente San Petersburgo), organizado por conocido botánico Armen Takhtajan.
Fragmento de reseña de la publicación del libro de Kozo-Polyansky en 2010 Manjaarez, A. 2010. Symbiogenesis: A New Principle of Evolution Dusting Off an Ancient B. Lab Times 5: 70:
Some years later, in 1975, she and Peter Raven, a botanist and also a supporter of this theory, were invited to a panel session in Leningrad about the origins of chloroplasts, organised by the Armenian-Russian botanist Armen Takhtajan. It was then, Margulis and Raven plausibly assert, that they heard about Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky for the first time.
Fragmento de la entrevista de Lynn Margulis a Discover Magazine:
Dick Teresi: In contrast, the symbiotic view of evolution has a long lineage in Russia, right?
Lynn Margulis: From the very beginning the Russians said natural selection was a process of elimination and could not produce all the diversity we see. They understood that symbiogenesis was a major source of innovation, and they rejected Darwin. If the English-speaking world owns natural selection, the Russians own symbiogenesis. In 1924, this man Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky wrote a book called Symbiogenesis: A New Principle of Evolution, in which he reconciled Darwin’s natural selection as the eliminator and symbiogenesis as the innovator. Kozo-Polyansky looked at cilia—the wavy hairs that some microbes use to move—and said it is not beyond the realm of possibility that cilia, the tails of sperm cells, came from “flagellated cytodes,” by which he clearly meant swimming bacteria.
Fragmento del capitulo 7 de libro de Lynn Margulis "Una Revolución en la Evolución", autor del capitulo Antonio Lazcano Araujo, libro publicado en español por Universidad de Valencia, 2003.
Estas ideas, aunque marginales, habrían de tener rаmifiсаciones lejanas. А principios del siglo ХХ, у аun antes de que existiera un esquema minimamente coherente sobre lа evolución de los procariontes, los rusos Konstantin S. Merezhkovsky, Andrei S. Famintsyn у Boris М. Kozo-Polyanski [...] propusieron еn fоrmа independiente escenarios evolutivos que pretendian explicar еl origen de las celulas animales у vegetales afirmando que mitocondrias, cloroplastos у algunas otras estructuras de los eucariontes еrап resultado de procesos de simbiosis (Khakhina 1979). Aunque durante muchos anos permanecieron desconocidos роr el mundo academico occidental, llevada роr su extraordinaria honestidad intelectual Lynn Margulis ha promovido у divulgado tanto las aportaciones de Merezhkovsky, Famintsyn у Kozo-Polyanski, соmо los trabajos del estadounidense Ivan Е. Wallin, a los que rесоnосе у reinvidica соmо sus predecesores cientificos (véase, роr ejemplo, Margulis 1991а о еl capitulo 6).
En 2010 Margulis publico un articulo sobre contribución de los científicos rusos en desarrollo de la teoría de simbiogénesis, donde se menciona que trabajos de estos autores rusos quedaron fuera de alcance de muchos de los científicos anglófonos.
Margulis, L. 2010. Symbiogenesis. A New Principle of Evolution Rediscovery of Boris Mikhaylovich Kozo- Polyansky (1890–1957). Paleontological Journal 44(12): 1525–1539. Mismo articulo esta incluido en paginas 34-45 de los materiales de conferencia Charles Darwin and Modern Biology. Proceedings of the International Academic Conference 21–23 September, 2009. Saint-Petersburg.
Mas sobre la tema:
Nota sobre vida de Lynn Margulis:
Knoll, A. H. 2012. Lynn Margulis, 1938–2011. PNAS 109(4): 1022.
Articulo de Lynn Margulis sobre simbiogénesis y estatus actual de su teoría:
Margulis, L. 2004. Serial endosymbiotic theory (SET) and composite individuality Transition from bacterial to eukaryotic genomes. Mirobiology Today 31: 172-174.
Articulo sobre Konstantin Mereschkovsky y sus ideas:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15045832 Sapp, J., F. Carrapiço, M. Zolotonosov. 2002. Symbiogenesis: The Hidden Face of Constantin Merezhkowsky. Hist. Phil. Life Sci. 24: 413-440. Читать дальше......
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| Lynn Margulis (1938-2011) |
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| Konstantin Mereschkovsky (1855-1921) |
Para Lynn Margulis en 1967 paso inadvertido el hecho, de que su propuesta no fue completamente nueva para la ciencia. Al revisar con mayor detalle historia de este descubrimiento, no se puede omitir contribución de varios científicos de los finales del siglo XIX - inicios del siglo XX. Hoy el dia está claro que prioridad de este descubrimiento no pertenece a Lynn Margulis.
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| Boris Kozo-Polyansky (1890-1957) |
En particular la hipótesis sobre endosimbiósis de cloroplastos fue inicialmente publicada por científico ruso Konstantin Mereschkovsky (Константин Сергеевич Мережковский) en el año 1905. El botánico ruso Boris Kozo-Polyansky (Борис Михайлович Козо-Полянский) seguio desarrollando las ideas de enbosimbiósis y simbiogénesis como un principio fundamental de la evolución, publicando en 1924 el libro: "Symbiogenesis: A New Principle of Evolution".
(La reciente traducción de este libro a ingles, editado por Victor Fet y Lynn Margulis, fue publicado en 2010 libro en amazon.com libro en Google Books ).
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| Esquema de las etapas de simbiogénesis, dibujo de Kathryn Delisle citado en varios trabajos de L. Margulis. |
Misma Lynn Margulis posteriormente reconocía prioridad de K. Mereschkovsky y B. Kozo-Polyansky sobre concepto de endosimbiósis y su papel en la evolución. Margulis supo por primera vez sobre existencia de los autores rusos que la han adelantado con la teoría de simbiogénesis solo en 1975, cuando ella fue invitada a una conferencia en Leningrado (URSS, actualmente San Petersburgo), organizado por conocido botánico Armen Takhtajan.
Fragmento de reseña de la publicación del libro de Kozo-Polyansky en 2010 Manjaarez, A. 2010. Symbiogenesis: A New Principle of Evolution Dusting Off an Ancient B. Lab Times 5: 70:
Some years later, in 1975, she and Peter Raven, a botanist and also a supporter of this theory, were invited to a panel session in Leningrad about the origins of chloroplasts, organised by the Armenian-Russian botanist Armen Takhtajan. It was then, Margulis and Raven plausibly assert, that they heard about Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky for the first time.
Fragmento de la entrevista de Lynn Margulis a Discover Magazine:
Dick Teresi: In contrast, the symbiotic view of evolution has a long lineage in Russia, right?
Lynn Margulis: From the very beginning the Russians said natural selection was a process of elimination and could not produce all the diversity we see. They understood that symbiogenesis was a major source of innovation, and they rejected Darwin. If the English-speaking world owns natural selection, the Russians own symbiogenesis. In 1924, this man Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky wrote a book called Symbiogenesis: A New Principle of Evolution, in which he reconciled Darwin’s natural selection as the eliminator and symbiogenesis as the innovator. Kozo-Polyansky looked at cilia—the wavy hairs that some microbes use to move—and said it is not beyond the realm of possibility that cilia, the tails of sperm cells, came from “flagellated cytodes,” by which he clearly meant swimming bacteria.
Fragmento del capitulo 7 de libro de Lynn Margulis "Una Revolución en la Evolución", autor del capitulo Antonio Lazcano Araujo, libro publicado en español por Universidad de Valencia, 2003.
Estas ideas, aunque marginales, habrían de tener rаmifiсаciones lejanas. А principios del siglo ХХ, у аun antes de que existiera un esquema minimamente coherente sobre lа evolución de los procariontes, los rusos Konstantin S. Merezhkovsky, Andrei S. Famintsyn у Boris М. Kozo-Polyanski [...] propusieron еn fоrmа independiente escenarios evolutivos que pretendian explicar еl origen de las celulas animales у vegetales afirmando que mitocondrias, cloroplastos у algunas otras estructuras de los eucariontes еrап resultado de procesos de simbiosis (Khakhina 1979). Aunque durante muchos anos permanecieron desconocidos роr el mundo academico occidental, llevada роr su extraordinaria honestidad intelectual Lynn Margulis ha promovido у divulgado tanto las aportaciones de Merezhkovsky, Famintsyn у Kozo-Polyanski, соmо los trabajos del estadounidense Ivan Е. Wallin, a los que rесоnосе у reinvidica соmо sus predecesores cientificos (véase, роr ejemplo, Margulis 1991а о еl capitulo 6).
Es verdad que Margulis
conocia, de mаnеrа indirecta, аlgunas de las hipótesis de Merezhkovsky у Wallin (Sagan 1967) у que hubo otras propuestas sobre еl origen de los еucariontes mas о menos simultaneas
а su teoria (Goksoyr 1967). Sin embargo, es
igualmente cierto que las propuestas de Merezhkovsky, Famintsyn у Kozo-Polyanski осираbаn un lugar marginal еn lа biologia rusa
(Sapp 1995), у que se tratabа, еn buеnа medida, de especulaciones basadas еn muу pocas
observaciones empiricas.
Merezhkovsky, роr ejemplo, nиnса habló еn fоrmа explicita del origen de las
mitocondrias, cuyas funciones ignoraba, у еn un folleto publicado en 1909, afirmó que los
seres vivos estaban formados роr dos plasmas
celulares de origen independiente, i.e., еl micoplasmа, que habia dado origen а hongos, bacterias у organulos celulares, у el amiboplasma, perfectamente visible en las аmеbas, de
donde habrian surgido plantas у animales
(Khakhina 1979). А pesar de las
ambiguedades de un esquema esencialmente especulativo, раrа Merezhkovsky еl amiboplasma соnstituia еl precursor evolutivo
de lo que hoy llamamos nuсlеоcitoplasma [...]
En 2010 Margulis publico un articulo sobre contribución de los científicos rusos en desarrollo de la teoría de simbiogénesis, donde se menciona que trabajos de estos autores rusos quedaron fuera de alcance de muchos de los científicos anglófonos.
Margulis, L. 2010. Symbiogenesis. A New Principle of Evolution Rediscovery of Boris Mikhaylovich Kozo- Polyansky (1890–1957). Paleontological Journal 44(12): 1525–1539. Mismo articulo esta incluido en paginas 34-45 de los materiales de conferencia Charles Darwin and Modern Biology. Proceedings of the International Academic Conference 21–23 September, 2009. Saint-Petersburg.
Mas sobre la tema:
Nota sobre vida de Lynn Margulis:
Knoll, A. H. 2012. Lynn Margulis, 1938–2011. PNAS 109(4): 1022.
Articulo de Lynn Margulis sobre simbiogénesis y estatus actual de su teoría:
Margulis, L. 2004. Serial endosymbiotic theory (SET) and composite individuality Transition from bacterial to eukaryotic genomes. Mirobiology Today 31: 172-174.
Articulo sobre Konstantin Mereschkovsky y sus ideas:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15045832 Sapp, J., F. Carrapiço, M. Zolotonosov. 2002. Symbiogenesis: The Hidden Face of Constantin Merezhkowsky. Hist. Phil. Life Sci. 24: 413-440. Читать дальше......
Sep 2, 2012
Sobre descubrimiento y venta de Alaska
1) La primera expedición (1725-1730) de los capitanes Vitus Bering e Ivan Fedorov, el arribo de los rusos a las costas de Alaska, descubrimiento del estrecho de Bering.
2) La segunda expedición (1732-1741) de los capitanes Vitus Bering y Aleksey Chírikov, descubrimiento de islas Aleutianas y desembarcamiento en las costas de Alaska.
3) Establecimiento del primer poblado ruso en America, en la isla Kodiak (una de las islas Aleutianas) por Grigori Shelixov en 1784.
4) En 1867 venta de Alaska y de las islas Aleutianas a Estados Unidos de America, por 7.2 millones de dollares.
russiaparachilenos.blogspot.mx/2012/05/la-venta-de-alaska.html
Nota: El bolg Rusia para Hispanoparlantes (http://russiaparachilenos.blogspot.mx) es interesante, aunque algunas publicaciones inclyuyen opiniones demasiado sesgados, desde mi punto de vista. El relato sobre Alaska es bastante completo, pero no libre de algunos inmpreciciones.
Materiales adicionales: http://en.wikipedia.org/wiki/Vitus_Bering
Publicación cross-publicada en Google+.
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2) La segunda expedición (1732-1741) de los capitanes Vitus Bering y Aleksey Chírikov, descubrimiento de islas Aleutianas y desembarcamiento en las costas de Alaska.
3) Establecimiento del primer poblado ruso en America, en la isla Kodiak (una de las islas Aleutianas) por Grigori Shelixov en 1784.
4) En 1867 venta de Alaska y de las islas Aleutianas a Estados Unidos de America, por 7.2 millones de dollares.
russiaparachilenos.blogspot.mx/2012/05/la-venta-de-alaska.html
Nota: El bolg Rusia para Hispanoparlantes (http://russiaparachilenos.blogspot.mx) es interesante, aunque algunas publicaciones inclyuyen opiniones demasiado sesgados, desde mi punto de vista. El relato sobre Alaska es bastante completo, pero no libre de algunos inmpreciciones.
Materiales adicionales: http://en.wikipedia.org/wiki/Vitus_Bering
Publicación cross-publicada en Google+.
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Apr 2, 2011
Software for Google imagery workflow (DigitalGlobe visualization to GeoTIFF file).
Step 1. Generate set of landmarks in KML format for Google Earth application with PlaceMaker 2 application (by zed), according to guide.
Step 2. Open landmarks in Google Earth 5.2 (or Google Earth 6), select landmark layer and "play trip" to download all desired area to application cache.
Step 3. Extract information from Google Earth cache with CacheMaster 2, saving in SAS format.
Step 4. Use SAS.Планета 110216 application to visualize area in base of cache content and to merge image fragments (tiles) for selected area into entire image, save image in BMP format, and georefferencing information in any text format. Use information from SAS GIS site.
Step 5. Use gdal_translate application from FWTools 2.46 to assign georeferencing and convert image to GeoTIFF format.
Reference information on Хитрости Google Earth site.
P. S. SAS.Планета and some other applications requires russified windows to represent GUI in the correct form, even if you select English as interface language. To deal with it I installed virtual machine (Microsoft Virtual PC) with Russian version of Windows XP. Читать дальше......
Step 1. Generate set of landmarks in KML format for Google Earth application with PlaceMaker 2 application (by zed), according to guide.
Step 2. Open landmarks in Google Earth 5.2 (or Google Earth 6), select landmark layer and "play trip" to download all desired area to application cache.
Step 3. Extract information from Google Earth cache with CacheMaster 2, saving in SAS format.
Step 4. Use SAS.Планета 110216 application to visualize area in base of cache content and to merge image fragments (tiles) for selected area into entire image, save image in BMP format, and georefferencing information in any text format. Use information from SAS GIS site.
Step 5. Use gdal_translate application from FWTools 2.46 to assign georeferencing and convert image to GeoTIFF format.
Reference information on Хитрости Google Earth site.
P. S. SAS.Планета and some other applications requires russified windows to represent GUI in the correct form, even if you select English as interface language. To deal with it I installed virtual machine (Microsoft Virtual PC) with Russian version of Windows XP. Читать дальше......
Mar 23, 2011
Cohen Kappa for classification accuracy control
Useful Cohen Kappa statistics tools:
Philippe Bonnardel program (Kappa.exe) - detailed kappa statistics for data up to 25 classes
Pedro Femia Marzo & Antonio Martín Andres tool (Delta 3.2) - delta and kappa measures of agreement between categorical data Читать дальше......
Philippe Bonnardel program (Kappa.exe) - detailed kappa statistics for data up to 25 classes
Pedro Femia Marzo & Antonio Martín Andres tool (Delta 3.2) - delta and kappa measures of agreement between categorical data Читать дальше......
GeoTagging of gigital photos how-to
Tools for GeoTagging of digital photography.
Hardware: GPS Garmin Summit HC + Digital camera Canon EOS Rebel XS + PC
Software:
1. Canon EOS Utility 2.8.1
2. DNR Garmin 5.4.1
3. GPSCorrelate 1.5.6 (win)
4. ExifTool 8.52 (win) + ExifTool-GUI 4.08 (win, optional)
5. MS Excel 2007
6. ArcGIS Decktop 9.3 or any compatible GIS application
While taking photos, digital camera clock should be verified with GPS time, don'to forget tunrn on GPS and to record track.
Step 1. Download photos from camara with EOS Utility (in JPEG)
Step 2. Download GPS track with DNR Garmin (save in GPX format, also it is useful to save it in vector SHP format to have track visualization)
Step 3. Use GPSCorrelate to set individual EXIF geographical metadata in JPEG pictures (whole directory) in base of GPS track (check that Time Zone setting is correct)
Step 4 (optional). Extract geographical metadata just stored in JPEG pictures to list in text file, using ExifTool. In command line it looks like: exiftool.exe -T -r -filename -GPSLatitudeRef -GPSLatitude -GPSLongitudeRef -GPSLongitude -GPSAltitude -DateTimeOriginal e:\Photoes_temp\ > coord_list.txt
Step 5 (optional). Import text file as tab separated table to Excel, use formulas similar to next ones: [=LEFT(C2,FIND(" deg ",C2,1)-1)], [=MID(C2,FIND(" deg ",C2,1)+5,(FIND("' ",C2,1)-FIND(" deg ",C2,1)-5))], [=MID(C2,FIND("' ",C2,1)+1,(FIND(" N",C2,1)-FIND("' ",C2,1)-2))], [=I2+J2/60+K2/3600] to transform strings with coordinates to degrees with fractions.
Step 6 (optional). Import Excel file to ArcGIS, visualize table data using "Display XY data" context menu option (don't forget to select correct coordinate system, like GCS_WGS_1984, or another one depending on GPS data), save visualized layer through "Data->Export data" like point shapefile (SHP). Читать дальше......
Hardware: GPS Garmin Summit HC + Digital camera Canon EOS Rebel XS + PC
Software:
1. Canon EOS Utility 2.8.1
2. DNR Garmin 5.4.1
3. GPSCorrelate 1.5.6 (win)
4. ExifTool 8.52 (win) + ExifTool-GUI 4.08 (win, optional)
5. MS Excel 2007
6. ArcGIS Decktop 9.3 or any compatible GIS application
While taking photos, digital camera clock should be verified with GPS time, don'to forget tunrn on GPS and to record track.
Step 1. Download photos from camara with EOS Utility (in JPEG)
Step 2. Download GPS track with DNR Garmin (save in GPX format, also it is useful to save it in vector SHP format to have track visualization)
Step 3. Use GPSCorrelate to set individual EXIF geographical metadata in JPEG pictures (whole directory) in base of GPS track (check that Time Zone setting is correct)
Step 4 (optional). Extract geographical metadata just stored in JPEG pictures to list in text file, using ExifTool. In command line it looks like: exiftool.exe -T -r -filename -GPSLatitudeRef -GPSLatitude -GPSLongitudeRef -GPSLongitude -GPSAltitude -DateTimeOriginal e:\Photoes_temp\ > coord_list.txt
Step 5 (optional). Import text file as tab separated table to Excel, use formulas similar to next ones: [=LEFT(C2,FIND(" deg ",C2,1)-1)], [=MID(C2,FIND(" deg ",C2,1)+5,(FIND("' ",C2,1)-FIND(" deg ",C2,1)-5))], [=MID(C2,FIND("' ",C2,1)+1,(FIND(" N",C2,1)-FIND("' ",C2,1)-2))], [=I2+J2/60+K2/3600] to transform strings with coordinates to degrees with fractions.
Step 6 (optional). Import Excel file to ArcGIS, visualize table data using "Display XY data" context menu option (don't forget to select correct coordinate system, like GCS_WGS_1984, or another one depending on GPS data), save visualized layer through "Data->Export data" like point shapefile (SHP). Читать дальше......
Feb 21, 2011
Университетская атмосфера
Жизненное видео про униврситетскую атмосферу.
Bad Project video - Zheng Lab.
Запись итальянского блоггера и учёного-химика из Кембриджа Goodbye academia, I get a life. Он пишет о проблематике построения научной карьеры сегодня и об атмосфере в научном сообществе. Трудно не согласиться с большей частью его наблюдений. Но и сдаваться, как он, тоже бессмысленно. По-русски здесь.
The disposable academic. Why doing a PhD is often a waste of time. (Article in The Economist, Dec 16th 2010).
Jan 18, 2011
Россия - непревзойденный пример того насколько различными могут быть представления просвещенной элиты и остального населения (масс). Это очевидно сейчас, но, вероятно, было не так очевидно в конце 80-х - начале 90-х. Тогда в воздухе витал фантастический идеализм, казалось что всё возможно. Казалось ещё что мы все вместе и за одно, ну, или, почти все. Подобная иллюзия кажется следствием "советского", следствием идеологии "свободы, равентсва, братства". Отсюда и либерализация, имевшая место в момент конца советской империи. Массы тогда были заражены идеологией свободы, которая, в сущности, была преобразованной советской идеологией. Но потом идеология была забыта. Оказалось что для людей забота о насущном и меркантильном важнее идеалов. Новая экономика способствовала забвению идеалов, так как каждый вынужден был выживать сам. Пока просвещённая элита грезила обществом свободы, для масс на первом месте были экономический кризис и несправедливость повсеместного грабежа. Отмена либерального развития была, к сожалению, неизбежной таких экономических условиях, несмотря на вялое противодействие интеллектуалов. Некоторое время либерализация продолжалась за счёт инерции истории. Но вскоре нашлись лидеры разобравшиеся в том что массы жаждут "хлеба и зрелищ", а не свободы. Либерализм был нужен элите, но оказался ни к чему массам. А уж, тем более, свобода масс не нужна власти. Узурпация власти и ущемление прав подаются как благоприятные для масс явления, часть "стабилизациии" и "порядка" в интересах большинства. В то же время ясно, что интересы власти узко корпоративные. Либеральное развитие осталось в прошлом, шанс упущен. Просвещённая элита, тем временем, сильно поредела.
Правильно, в целом, написано о взаимосвязи свободы и масс. http://lj.rossia.org/users/tiphareth/1442922.html?nc=81 Читать дальше......
Правильно, в целом, написано о взаимосвязи свободы и масс. http://lj.rossia.org/users/tiphareth/1442922.html?nc=81 Читать дальше......
Dec 23, 2010
Идея клуба чтения
Размышляю, не организовать ли клуб чтения русской литературы? Это могло бы стать своего рода реаламой моих уроков русского языка как иностранного в Гвадалахаре, продолжающихся в рамках новой Академии русского языка. Мои частные уроки переменовались с недавних пор в академию, хотя на самом деле изменений пока никаких, только смена названия. Конкуренция в преподавании русского в Гвадалахаре обострилась, в настоящее время существуют несколько официальных курсов и ещё больше частных преподавателей. По этой причине я решил зарегистрировать домен www.rusoguadalajara.com и разместить там сайт новой Академии. Может быть, это позволит получить преимущество в конкуренции с другими людьми. А может быть, даже удастся сотрудничать с конкурентами.
Нужно отметить, что уроки русского никогда нельзя было назвать моей основной деятельностью, за семь лет практики, у меня было несколько десятков учеников, но никогда больше пяти одновременно. То есть, прожить на это никогда было нельзя. И иллюзий что будет когда-то можно у меня нет. Однако, наличие учеников позволяет поддерживать контекст, переключаться между видами деятельности и приносит некоторые пополнения в бюджет. И я намерен продолжать заниматься этим пока хватает времени.
Я считаю что у преподавания русского в Гвадалахаре есть потенциал. Затухает явление неприятия всего русского, весьма характерное в Мексике во время постсоветской эпохи. У меня есть ощущение некоторого возобновления интереса. Кроме того, в свете упрощения визового режима для русских может появиться заинтересованность в изучении языка для туристического бизнеса.
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