Descubri un excelente canal. Muy recomendable.

Descubri un excelente canal. Muy recomendable.
https://youtu.be/D81oHP_kYM0 Читать дальше......

Rotifera Philodina sp.

Rotifera Philodina sp.
https://www.youtube.com/watch?v=TQKKdYl4DEM&feature=share Читать дальше......

Ciliophora Vaginicola aff. attenuata en nuestra pecera

Ciliophora Vaginicola aff. attenuata en nuestra pecera
https://www.youtube.com/watch?v=ioVG5ghIBv4&feature=share Читать дальше......

How to downscale temperature raster with higher resolution Digial Elevation Model

Transform low resolution to high, with statistical predictor.

From this:

 To this:

Useful example with code in Rmd. Full script @GitHub

Load requiered libraries.

```{r setup, include=FALSE}
library(sp)
library(raster)
```

Some magic happens here - Check the full code @GitHub.

Store the result in GeoTIFF.

```{r save-downscaled-raster}
    # write GeoTIFF with float 32 and LZW compression
    writeRaster(corrected_raster, filename=paste(basepath, 
    '/' ,basename ,'.tif',sep=''), format="GTiff", overwrite=TRUE, 
    datatype = 'FLT4S', options=c("COMPRESS=LZW"))
```

Читать дальше......

BBC environment correspondence:

BBC environment correspondence:

Climate change: 'Hothouse Earth' risks even if CO₂ emissions slashed - http://www.bbc.co.uk/news/science-environment-45084144
http://www.bbc.co.uk/news/science-environment-45084144 Читать дальше......

http://www.casavistalosarcos.com/

http://www.casavistalosarcos.com/
http://www.casavistalosarcos.com/ Читать дальше......

On vulnerability of human psichology:

On vulnerability of human psichology:

Social media apps are 'deliberately' addictive to users - http://www.bbc.co.uk/news/technology-44640959
http://www.bbc.co.uk/news/technology-44640959 Читать дальше......

Two days before key Mexico election.

Two days before key Mexico election.
https://www.theguardian.com/world/2018/jun/28/mexico-election-the-candidates-the-stakes-and-the-key-issues?CMP=share_btn_gp Читать дальше......

Mi parte son últimos 35 segundos [2:48 - 3:23]

Mi parte son últimos 35 segundos [2:48 - 3:23]
https://www.youtube.com/watch?v=zc5dWeF9tfY

https://www.youtube.com/watch?v=zc5dWeF9tfY Читать дальше......

Proyectos en Naturalista.com

Son 2 nuevos proyectos para organizar las observaciones útiles en didáctica (curso 'Plantas con semilla' y otros).

• Flora del Sendero Arroyo del Carbón, Bosque la Primavera
• Practica de campo para curso de Espermatofitas

Читать дальше......

Северное сияние

Сегодня я прослушал на Эхо Москвы передачу, в которой обсуждались жизненные обстоятельства россиян и заирагивалась тема их личного выбора, который на самом деле до сих пор существует. Я с этим совершенно согласен и тоже считаю что сейчас выбор может быть только личным, и многеюие его сделали, и я его сделал. Меня эта тема беспокоит, так как всё же существует некоторая этическая напряженность, связанная с этим выбором и всё же хочется знать мнение других людей об этом. Так вот, зная что жизненные обстоятельства россиян в настоящее время, и в ближайшем будущем являются неизменной данностью, являниями подобными вечной мерзлоте или северному сиянию, такой личный выбор делать проще.
На Эхо Москвы было ещё несколько ярких слов про северное сияние, но я их не стану повторять.

Читать дальше......

Visualization of paired Mann-Whitney U test for several variables in R

As a part of our recent research, we made several visualizations of variable comparizon. The boxplot gives good visual results, but the paired Mann-Whitney U test is required to access the statistical significance of differences. In order to visualize results of this test we us the following graphics:

The package pheatmap ver. 1.0.8 was found to be rather useful and flexible for visualization of such paired test data. Usually this package is used to make heatmaps with clusterization, but our choice is to adopt it to deal with binary data. Here is some code fragments used to perform the test and visualize it results.
The test itself is part of the following function:

compareMWT = function(x, y, test_title, alternative='two.sided') {
  wilcoxTest_result <- wilcox.test(x,y,
                        alternative=alternative,conf.int=TRUE)
  cat('Mann-Whitney test results for',test_title,"\n",sep=' ')
  if (wilcoxTest_result$p.value < 0.05) {
      cat('The H0 is rejected as p < 0.05, 
              the HA accepted (medians unequal)',"\n")
  } else {
      cat('The HA is rejected as p >= 0.05, 
              the H0 accepted (medians equal)',"\n")
  }  
  print(wilcoxTest_result)
}

Our data includes Magn_prec00, Magn_prec50, Magn_prec70 and similar variables as data to be compared. The month_list is month names vector. Test is called in cycle (12 months) for the desired combinations (pairs) of variables. Test results are stored in two matrices: one for binary output (the H0 is coded as 0 and the HA as 1), and another matrix is to store the estimation of centrality shift.

# true-false H0 vs. HA matrices
MWU_prec_RCP45_matrix <- matrix(nrow = 12, ncol = 3)

# location shift estimation matrices
MWU_prec_RCP45_matrix_s <- matrix(nrow = 12, ncol = 3)

for (i in 1:12) {
  my_test1 <- compareMWT(Magn_prec00[,i],Magn_prec50[,i],
    paste(month_list[i],'precipitation: actual vs. RCP4.5 2050'))
  my_test2 <- compareMWT(Magn_prec50[,i],Magn_prec70[,i],
    paste(month_list[i],'precipitation: RCP4.5 2050 vs. RCP4.5 2070'))
  my_test3 <- compareMWT(Magn_prec00[,i],Magn_prec70[,i],
    paste(month_list[i],'precipitation: actual vs. RCP4.5 2070'))

  if (my_test1$p.value < 0.05) {
    MWU_prec_RCP45_matrix[i,1] <- 1
    MWU_prec_RCP45_matrix_s[i,1] <- my_test1$estimate
  } else {
    MWU_prec_RCP45_matrix[i,1] <- 0
  }
  if (my_test2$p.value < 0.05) {
    MWU_prec_RCP45_matrix[i,2] <- 1
    MWU_prec_RCP45_matrix_s[i,2] <- my_test2$estimate    
  } else {
    MWU_prec_RCP45_matrix[i,2] <- 0
  }
  if (my_test3$p.value < 0.05) {
    MWU_prec_RCP45_matrix[i,3] <- 1
    MWU_prec_RCP45_matrix_s[i,3] <- my_test3$estimate    
  } else {
    MWU_prec_RCP45_matrix[i,3] <- 0
  }
}

The visualization in pheatmap is nice, but the labels of the x-axis are oriented 270° by default, to override this strange feature we use custom function, identical to draw_columns internal function of pheatmap, except the rotation rot = 90 and ajustment hjust = 1. The override works within session by assignInNamespace.

library(pheatmap)

draw_colnames_90 <- function(coln, gaps, ...) {
    coord = pheatmap:::find_coordinates(length(coln), gaps)
    x = coord$coord - 0.5 * coord$size
    res = grid:::textGrob(coln, x = x, 
          y = grid:::unit(1, "npc") - grid:::unit(3, "bigpts"), 
          vjust = 0.5, hjust = 1, rot = 90, gp = grid:::gpar(...))
    return(res)
}  

assignInNamespace(x="draw_colnames", 
          value="draw_colnames_90", ns=asNamespace("pheatmap")) 

The visualization itself inslude dark green cells for cases where the H0 is acepted (no significant difference in medians), and light gray cells for cases of alternative hypothesis HA. The numbers within cells indicate the estimated median shift.

MWU_prec_RCP45_matrix_s <- format(MWU_prec_RCP45_matrix_s, 
                                        digits=2, nsmall=2)
MWU_tmin_RCP45_matrix_s <- format(MWU_tmin_RCP45_matrix_s, 
                                        digits=2, nsmall=2)
MWU_tmax_RCP45_matrix_s <- format(MWU_tmax_RCP45_matrix_s, 
                                        digits=2, nsmall=2)

pheatmap(rbind(t(MWU_prec_RCP45_matrix),
               t(MWU_tmin_RCP45_matrix),
               t(MWU_tmax_RCP45_matrix)), 
         display_numbers = rbind(
               t(MWU_prec_RCP45_matrix_s),
               t(MWU_tmin_RCP45_matrix_s),
               t(MWU_tmax_RCP45_matrix_s)),
         fontsize_number = 13, 
         number_color = 'darkgreen',
         color = c('darkgreen','lightgray'), 
         border_color = 'black', 
         cellwidth = 50, cellheight = 50,
         symm = FALSE, 
         cluster_rows = FALSE, 
         cluster_cols = FALSE,
         gaps_row = c(3,6),
         legend_breaks = c(0,0.25,0.5,0.75,1), 
         legend_labels = c('','H0','','HA',''),
         labels_col = month_list,
         labels_row = c('Prec actual vs. 2050',
          'Prec 2050 vs. 2070','Prec actual vs. 2070',
                        'Tmin actual vs. 2050',
          'Tmin 2050 vs. 2070','Tmin actual vs. 2070',
                        'Tmax actual vs. 2050',
          'Tmax 2050 vs. 2070','Tmax actual vs. 2070'),
         main = 'RCP4.5', fontsize = 16)

. Читать дальше......

Puerto los Mazos Excursionismo

https://connect.garmin.com/modern/activity/2535490155#.WqA6HMnvxJE.google_plusone_share Читать дальше......

Безнадёжно

Приведу фрагмент из интервью Антона Красовского на Эхе Москвы (Разбор полёта) от 29.1.2018:
- ... Мы сегодня вспоминали о 90-х, которые некоторые характеризуют как время надежд... А сегодняшнее время, каким словом может быть охарактеризовано, спестя десяток лет?
А.К. - Безнадёжно, конечно. А у Вас есть надежда?
- Как-то стараюсь жить с этим чувством...
А.К. - У меня, например, нет. Я ещё раз говорю, я сейчас вижу огромное колличество людей, я слышу что они говорят, и я прекрасно понимаю, что у нескольких поколений здесь нет никакого будущего, абсолютно никакого. Они сами его профукали, они его сами разменяли, они сами свою свободу растоптали, они сделали всё, для того чтобы эта свобода, и это право на свободу были растоптаны, собственными сапогами. И они не заслужили права на свободу, они её не получат. Поэтому у нескольких поколений здесь нет никакой надежды. Но потом, возможно, начнётся возрождение.
- А будущее, в котором не осознаётся  его отсутствие большинством, достойно ли оно наступать?
А.К. - Это сложный вопрос, потому что предполагает некоторую конечность человеческого объединения. Для большинства людей с которыми Моисей вышел из египетского плена будущее так и не наступило, но для великого народа оно явилось. Я уверен, что у великого русского народа это будущее есть, но у моего поколения, например, нет.

Я соглашаюсь с этим фрагментом А.К., учитывая данные прессы, результаты личных наблюдений 2017 года, и на основе очень интересной беседы с коллегой В.М. (знаменитым учёным), с которой мы недавно случайно оказались на соседних креслах в самолёте из Парижа в Петербург, и которая рассказала много интересного.

Читать дальше......

Дорогая бабушка, я и мы тебя всегда будем любить и помнить.

Дорогая бабушка, я и мы тебя всегда будем любить и помнить. Ты была такая! Ты так много сделала для меня, научила так многому! Все годы рядом с тобой были как чудо. Как жаль что тебя больше нет. Читать дальше......

Hirosima @ SPb International Airport "Pulkovo"

Hirosima @ SPb International Airport "Pulkovo" Читать дальше......