Dec 29, 2013
PhD Traditional Christmass Song ;)
PhD Traditional Christmass Song ;)
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1114 Читать дальше......
Dec 28, 2013
Christmass frustration:
Unfinshed thesis:
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=804
Santa unexistence proof:
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1668
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=804 Читать дальше......
Dec 25, 2013
The real relation between room clean-up and work to do. :)
http://phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1658
http://phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1658 Читать дальше......
Dec 18, 2013
Interesting article:
Mayer et al. 2013. A mitochondrial genome sequence of a hominin from Sima de los Huesos. Nature doi:10.1038/nature12788
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/abs/nature12788.html
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/fig_tab/nature12788_SF6.html
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/fig_tab/nature12788_SF6.html Читать дальше......
Nov 25, 2013
Nov 21, 2013
К вопросу о векторе развития России
[...] Суммарный вектор движения заключается в том, что образованные люди России не нужны. Это очевидно и из понижения уровня образования, и из создания, точнее не создания, условий для тех, кто все-таки получил хорошее образование. Я сейчас говорю даже не о кандидатах и докторах наук (хотя о них тоже). Я говорю о людях, знающих, что Земля вращается вокруг Солнца, или почему зимой холодно, а летом тепло. (Ефим Хазанов) [...]
Ефим Хазанов, Лев Беклемишев. Реформа в больших кавычках. @ ТрВ № 142, c. 4. 19 ноября 2013 года.
[...] Движение в «темные века» определенно наметилось, и процесс пошел в этом направлении, как мне кажется, достаточно интенсивно. И наука, и образование не относятся к областям, в которые вкладывают деньги, и это катастрофично для будущего страны. Это и тревожит. И не только меня, а всех, кто в эту сторону бросил взгляд. [...]
Наталия Демина, Людмила Улицкая. Пока не изменится общество, не изменится и государство. @ ТрВ № 142, c. 1, 19 ноября 2013 года.
[...] Теперь, по классической тоталитарной схеме ("1984"), Большой Брат делает все, что ему заблагорассудится, нагло вламываясь в частную жизнь и даже интимные отношения. Таким образом, в группу риска попадают не только сознательные политактивисты и правозащитники, но и люди, никак не вовлеченные в протестные движения. Например, все геи. Например, атеисты. Защитники окружающей среды.
Судя по ужасающей динамике, список будет расширяться - за счет всевозможных "меньшинств" и социальных групп, более просвещенных, чем правящая верхушка.
Фактически, государство через подконтрольные масс-медиа натравливает "молчаливое большинство" на "врагов народа" и целенаправленно выдавливает неудобных ему граждан из страны. Такого на моей памяти еще не было. [...]
Артемий Троицкий. Призрак бродит по России, призрак самосвала. @ BBC.CO.UK (русская служба). 16 ноября 2013.
[...] На прошедшей неделе научная общественность в очередной раз была взбудоражена, теперь — требованием представить в двухдневный срок план публикаций на 2014-2016 годы для формирования государственного задания. Точки зрения по этому поводу варьировали от резкого сарказма, как в заявлении Комиссии общественного контроля за результатами реформ в сфере науки, до мягкого недоумения — во многих постах в «Живом журнале» и «Фейсбуке» коллеги, особенно из-за рубежа, спрашивали: «А чем страшно прикинуть публикации на ближайшее время?» Действительно, ничем. Но… [...] Ну и, наконец, пугает термин «государственное задание». А что, если оно не будет выполнено? Пожурят, спишут с довольствия или сразу «двушечку»? [...]
Михаил Гельфанд. План по валу или вал по плану? @ ТрВ № 142, c. 2. 19 ноября 2013 года.
[...] Прежде всего, во власти есть значительная группа людей, мечтающая о восстановлении сталинской империи и о возрождении сталинской науки. При Сталине Академия номинально существовала (как многие другие традиционные декорации — например, церковь), но идеалом сталинской науки была шарашка. Шарашка, в которой плененные и превращенные в рабов гении работали изо всех сил не за совесть, а за страх, выполняя военные и идеологические (военно-патриотические) задачи партийного руководства и самого великого кормчего. Организатором такой науки был Берия, но вдохновителем — Сталин. Такая наука дешева и достигает грандиозных успехов, но на одном-двух избранных направлениях. Спутники, математика, вне науки — балет, а во всем остальном — уровень Верхней Вольты. [...]
Вторая властная и могучая сила — это люди, оседлавшие нефтяную и газовую трубы. Нефть и газ они продают сырьем за рубеж, на нефтедоллары покупают всё — автомашины, яхты, роскошь, послушание значительной части подданных. Этим не нужны промышленность и сельское хозяйство — всё проще купить. Не нужна и наука. Совсем не нужна. Ее продукцию тоже можно купить за рубежом. А при такой стратегии можно избавиться от единственного оставшегося оплота независимости в стране — от Академии наук, со званиями, которые нельзя отнять, с авторитетом, который не пожалован сверху, с неподконтрольными связями с заграницей, с накопленными богатствами (недвижимость!), которые пригодись бы для раздачи верным чиновникам. Вузы уже прижали к ногтю, а Академия вот мозолит глаза. [...]
Лев Клейн. Судьба Академии и судьба страны @ ТрВ № 135, c. 12. 13 августа 2013 года.
Читать дальше......
Nov 14, 2013
Participación en el concurso de CONABIO para sistema de información de especies de árboles de México
http://blog.rebiomex.org/2013/11/participacion-el-el-concurso-de-conabio.html Читать дальше......
Oct 20, 2013
Mi cartel en Congreso Mexicano de Botánica en Chiapas (presento mañana)
http://vshalisko.blogspot.com/2013/10/nuestro-cartel-en-el-congreso-mexicano.html Читать дальше......
Nuestro cartel en el Congreso Mexicano de Botánica
Mañana (21 de octubre del 2013) presento nuestro cartel en el XIX Congreso Mexicano de Botánica con sede en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Tema: Biogeografía de Grammitidaceae en México y Centroamérica
Autores: Viacheslav Shalisko, J. Antonio Vázquez García, Miguel A. Muñiz Castro y Alma Rosa Villalobos Arámbula
Sesión: CA1. BIOGEOGRAFÍA Y BIOLOGÍA EVOLUTIVA - CARTEL 539
Читать дальше......
Oct 16, 2013
Q. What is the oddest type specimen collection?
A. The grave in Sweden storing Homo sapiens lectotype. Читать дальше......
Mi ponencia en el Seminario de Botánica sobre Codigo de Barras de ADN en los helechos
http://vshalisko.blogspot.com/2013/10/ponencia-en-seminario-de-botanica.html Читать дальше......
Ponencia en Seminario de Botánica Sistemática sobre Código de barras de ADN en los helechos
Hoy en seminario de Botánica Sistemática (XXXVI ciclo de Seminarios) presente la ponencia Codigo de barras de ADN aplicado a los helechos: alcances y limitaciones.
Resumen (en pdf) y ponencia (en pdf).
Resumen
La tecnología de código de barras de ADN se convirtió en una de las herramientas poderosas para realizar estudios en sistemática vegetal, ecología, filogeografía, biogeografía y en numerosos ciencias aplicadas relacionados con la biología de plantas. En el caso de los helechos, el uso de código de barras de ADN es particularmente importante, ya que tiene potencial de facilitar la identificación taxonómica tanto de los esporofitos en estado vegetativo, como de gametófitos - fase críptica en el ciclo de vida de pteridofitas.
Las regiones que se utilizan como código de barras de ADN para plantas terrestres fueron aprobadas en 2009 por el Consorcio para Código de Barras de la Vida (CBOL, Consortium for the Barcode of Life) y corresponden a dos loci de ADN de cloroplastos, rbcL y matK. Estas regiones han demostrado variabilidad apropiada para los propósitos de identificación de los taxa (a tal grado que la variabilidad de los haplotipos de cloroplastos puede estar relacionada con los límites entre las especies) y además se obtienen con relativa facilidad en los principales linajes de espermatofitas.
En los helechos, la región matK presenta problemas para secuenciarla por pérdida de los dos exones vecinos de trnK, lo que causa dificultades en su amplificación con los cebadores universales. Fue hasta el año 2011, cuando el desarrollo de los cebadores específicos para la región matK para los helechos permitió su uso exitoso en combinación con rbcL como parte del código de barras de ADN estándar. Adicional a la combinación rbcL-matK, para código de barras para los helechos se ha propuesto el uso de otras regiones de genoma, entre ellas trnL-F, atpB, rps4 y trnH-psbA, estas últimas de utilidad limitada debido a su baja variabilidad en este grupo.
El avance rápido de la tecnología "secuenciación de siguiente generación" (NGS, Next Generation Secuencing) resulta en una disminución sustancial del costo de secuenciación y permite realizar los proyectos individuales de los investigadores que requieren de secuenciación a mediana escala. Una de las aplicaciones prometedoras de la tecnología NGS es la obtención del código de barras, incluyendo las lecturas rutinarias del genoma completo de cloroplastos, que se propuesta como alternativa al código de barras basado en loci.
Bibliografía
Arjen de Groot, G. et al. 2011. Use of rbcL and trnL-F as a two-locus DNA barcode for identification of NW-European ferns: an ecological perspective. PLoS One 6(1): e16371. doi:10.1371/journal.pone.0016371
Hollingsworth, P. M. et al. 2011. Choosing and using a plant DNA barcode. PLoS One 6(5): e19254. doi:10.1371/journal.pone.0019254.
Kuo, L.-Y. et al. 2011. First insights into fern matK phylogeny. Molecular Phylogenetics and Evolution 59: 556-566.
Li, F.-W. et al. 2011. rbcL and matK earn two thumbs up as the core DNA barcode for ferns. PLoS One 6(10): e26597. doi:10.1371/journal.pone.0026597.
Pryer, K. M. et al. 2010. DNA barcoding exposes a case of mistaken identity in the fern horticultural trade. Molecular Ecology Resources 10: 979-985. doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02858.x
Sucher, N. J., J. R. Hennell & M. C. Carles (eds.) 2012. Plant DNA fingerprinting and barcoding: Methods and protocols. Methods in Molecular Biology, vol. 862. Springer Science+Business Media, LLC. 202 p. doi:10.1007/978-1-61779-609-8.
Wolf, P. G. et al. 2011. The evolution of chloroplast genes and genomes in ferns. Plant Molecular Biology 76: 251-261. doi:10.1007/s11103-010-9706-4.
Sep 27, 2013
Sep 16, 2013
Que programa tan fabulosa de MET (traslaciones en Teatro Diana)!
http://www.teatrodiana.com/met2013_14/
Debido a mis raíces, me siento casi obligado asistir en:
Eugene Onegin de Tchaikovsky.
La Nariz de Shostakovich.
Rusalka de Dvorak.
El Príncipe Igor de Borodin.
Aunque Piccini, Verdi, Rossini, Massenet y Mozart también me encantarian.
http://www.teatrodiana.com/met2013_14/ Читать дальше......
Sep 14, 2013
Интервью с Б. Сарновым о Солженицыне, в котором он даёт очень верную оценку этой личности и её роли в истории.
Ну а в том, что Сим Симыч Карнавалов и Солженицын - одно и то же лицо, я и не сомневался.
http://www.svoboda.org/content/transcript/25103771.html
http://www.svoboda.org/content/transcript/25103771.html Читать дальше......
Sep 13, 2013
It seems, that thanks to Zeno´s Thesis Paradox there is no chance to graduate, ever.
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1610
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1610 Читать дальше......
Sep 10, 2013
О ботанических иллюстрациях
С одной стороны, в отличие от фотографии, данный подход позволяет специфически выделять важные специалистам признаки и сочетать их в пределах одной схемы, часто таким образом, что данное одновременное сочетание признаков может быть затруднительно или невозможно наблюдать в природе. С другой стороны, этот подход оказывается довольно зависим от интерпретации, в первую очередь специалиста систематика, заказавшего иллюстрацию, но не во последнюю очередь и художника, набившего руку и глаз на определённых "значимых" признаках и пропускающего малозначимые.
Очень верно об этом пишет ivanov_petrov (ivanov-petrov.livejournal.com/1841128.html): "[...] на рисунке то, что мы понимаем. Рисунок - выраженное графически понимание. [...]". Читать дальше......
Sep 9, 2013
Publimetro del día de hoy con portada en ruso.
http://www.publimetro.com.mx/
http://www.readmetro.com/en/mexico/guadalajara/
http://vshalisko.blogspot.com/2013/09/el-publimetro-httpwww.html Читать дальше......
Читать дальше......
Sep 7, 2013
El libro de F.
Un libro disponible en forma gratuita en Google Books.
https://market.android.com/details?id=book-yrUSulWCJxUC Читать дальше......
Sep 6, 2013
Recent revealing of US and UK efforts in deliberate weakening of civil cryptographic systems just confirms the well...
By the way, most of people do not care on personal privacy. Obviously, if you store your files and mail in "cloud" service provided by Google, Microsoft or other company, with slight encryption or without any - you should understand that this information could potentially become public. But seems, there is no problem of this for the mayor part of Internet users.
El Pais: EE UU recurre a una gran conspiración para minar la privacidad en Internet
(http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html)
The Guardian: Bruce Schneier. The US government has betrayed the internet. We need to take it back
(http://www.theguardian.com/commentisfree/2013/sep/05/government-betrayed-internet-nsa-spying)
The Guardian: Bruce Schneier. NSA surveillance: A guide to staying secure
(http://www.theguardian.com/world/2013/sep/05/nsa-how-to-remain-secure-surveillance)
http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html Читать дальше......
Aug 29, 2013
Jun 3, 2013
О будущем из полусна
Все эти офисные громады, мерцающие экраны повсюду, транспортная инфраструктура, поток машин - это сочетается с заброшенными зданиями, расписанными графити стенами и разбитыми витринами, на тротуарах в переулках бродят неопрятно выглядящие опустившиеся люди с потерянным взглядом и мелкие торговцы, на каждом углу что-то продаётся, валяется мусор, то и дело слышится вой полицейских сирен...
Я это уже видел в каком-то полусне о будущем. Или мне только кажется? В этой эстетике Мехико есть что-то притягательное и одновременно пугающее. Здесь чувствуешь себя бесконечно одиноко, и одновременно знаешь что ты уже являешься частью этого города, и что он проник в тебя. Это твой мир, ты дома, и все эти люди вокруг такее же как ты. И этот мир совсем не так радужен как хотелось бы. Хотелось бы? Мира Полудня не предвидится. Если символом этого города является ангел, то это падшее существо.
May 8, 2013
Ponencia en Seminario de Botánica sobre Evolución tectonica de Centroamérica
Ponencia en PDF
Resumen:
Apr 28, 2013
Bayesian phylogenetic analysis of Grammitidaceae
Apr 9, 2013
Mar 17, 2013
Paleobathymetry data preparation How-To
1. Extract contents of age_depth_bath_0.bz2 with any suitable archivier (like 7-zip).
2. Using Open Source tool set GMT (General Mapping Tools, http://gmt.soest.hawaii.edu/) ver. 4.5.9 64-bits (Windows 8) to process data.
Set table data delimiter:
gmtset.exe FIELD_DELIMITER=,
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv
gmtmath.exe -C1 -V age_0.csv NEG = age_0i.csv
xyz2grd.exe age_0i.csv -Gage_0.flt=nf -N0 -Rd -I0.1 -V
Add header to this grid:
File age_0.hdr
ncols 3601
nrows 1801
xllcorner -198
yllcorner -90
cellsize 0.1
nodata_value 0
NODATA 0
3. Open in GIS application, set projection (geographic with datum WGS-1984), save in suitable format (GeoTiff), calculate statistics and pyramid layers.
For bathymetry data estract firth column instead of third from original table.
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv
Mar 11, 2013
pinencia en PDF
Bibliografia selecta:
- Adams. 2008. Vegetation-climate interactions. How plants make the global environment. 2nd ed. Springer. Praxis Publishing. 266 pp.
- Cox & Jones. 2008. Illuminating the modern dance of climate and CO2. Science 321: 1642-1644.
- Friedman (ed.) 2009. Climate change . Writing the critical essay, an opposing viewpoints guide. Gale. Cengage Learning. 128 pp.
- Gornitz (ed.) 2009. Encyclopedia of paleoclimatology & ancient environments. Springer Science, Business Media B. V. 1048 pp.
- Hansen et al. 2008. Target atmospheric CO2: where should humanity aim? The Open Atmospheric Science Journal 2: 217-231.
- Huntingford et al. 2013. Simulated resilience of tropical rainforest to CO2-induced climate change. Nature Geoscience doi:10.1038/ngeo1741
- IPCC. 2007. Climate Change 2007. The Physical Science Basis. Contribution of Working Group I to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Solomon, S., D. Qin, M. Manning, Z. Chen, M. Marquis, K.B. Averyt, M. Tignor and H.L. Miller (eds.). Cambridge University Press. 996 pp.
- Kiehl. 2011. Lessons from Earth´s past. Science 331: 158-159.
- Marcott et al. 2013. A reconstruction of regional and global temperature for the past 11,300 years. Science 339: 1198-1201.
- Melles et al. 2012. 2.8 millions years of Arctic climate change from lake El’Gygytgyn, NE Russia. Science 337: 315-320.
- Severinghaus et al. 2009. Oxygen-18 of O2 records the impact of abrupt climate change on the terrestral biosphere. Science 324: 1431-1434.
- Steffenson et al. 2008. High-resolution Greenland ice core data show abrupt climate change happens in few years. Science 321: 680-683.
Читать дальше......
Feb 27, 2013
О физическом вакyуме и стабильности Вселенной. Забавное обсуждение в комментариях.
http://elementy.ru/LHC/news?discuss=431980
Degrassi et al. 2012. Higgs mass and vacuum stability in the Standard Model at NNLO. arXiv:1205.6497v1.
Abstract: http://arxiv.org/abs/arXiv:1205.6497
Полный текст (http://arxiv.org/pdf/1205.6497v1.pdf) на любителя.
http://elementy.ru/news/431980?page_design=print Читать дальше......