Mi cartel en Congreso Mexicano de Botánica en Chiapas (presento mañana)

Mi cartel en Congreso Mexicano de Botánica en Chiapas (presento mañana)
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Nuestro cartel en el Congreso Mexicano de Botánica

Mañana (21 de octubre del 2013) presento nuestro cartel en el XIX Congreso Mexicano de Botánica con sede en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Tema: Biogeografía de Grammitidaceae en México y Centroamérica
Autores: Viacheslav Shalisko, J. Antonio Vázquez García, Miguel A. Muñiz Castro y Alma Rosa Villalobos Arámbula
Sesión: CA1. BIOGEOGRAFÍA Y BIOLOGÍA EVOLUTIVA - CARTEL 539

Cartel en PDF

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Q. What is the oddest type specimen collection?

Q. What is the oddest type specimen collection?
A. The grave in Sweden storing Homo sapiens lectotype. Читать дальше......

Mi ponencia en el Seminario de Botánica sobre Codigo de Barras de ADN en los helechos

Mi ponencia en el Seminario de Botánica sobre Codigo de Barras de ADN en los helechos
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Ponencia en Seminario de Botánica Sistemática sobre Código de barras de ADN en los helechos

Hoy en seminario de Botánica Sistemática (XXXVI ciclo de Seminarios) presente la ponencia Codigo de barras de ADN aplicado a los helechos: alcances y limitaciones.

Resumen (en pdf) y ponencia (en pdf).

Resumen

La tecnología de código de barras de ADN se convirtió en una de las herramientas poderosas para realizar estudios en sistemática vegetal, ecología, filogeografía, biogeografía y en numerosos ciencias aplicadas relacionados con la biología de plantas. En el caso de los helechos, el uso de código de barras de ADN es particularmente importante, ya que tiene potencial de facilitar la identificación taxonómica tanto de los esporofitos en estado vegetativo, como de gametófitos - fase críptica en el ciclo de vida de pteridofitas.

Las regiones que se utilizan como código de barras de ADN para plantas terrestres fueron aprobadas en 2009 por el Consorcio para Código de Barras de la Vida (CBOL, Consortium for the Barcode of Life) y corresponden a dos loci de ADN de cloroplastos, rbcL y matK. Estas regiones han demostrado variabilidad apropiada para los propósitos de identificación de los taxa (a tal grado que la variabilidad de los haplotipos de cloroplastos puede estar relacionada con los límites entre las especies) y además se obtienen con relativa facilidad en los principales linajes de espermatofitas.

En los helechos, la región matK presenta problemas para secuenciarla por pérdida de los dos exones vecinos de trnK, lo que causa dificultades en su amplificación con los cebadores universales. Fue hasta el año 2011, cuando el desarrollo de los cebadores específicos para la región matK para los helechos permitió su uso exitoso en combinación con rbcL como parte del código de barras de ADN estándar. Adicional a la combinación rbcL-matK, para código de barras para los helechos se ha propuesto el uso de otras regiones de genoma, entre ellas trnL-F, atpB, rps4 y trnH-psbA, estas últimas de utilidad limitada debido a su baja variabilidad en este grupo.

El avance rápido de la tecnología "secuenciación de siguiente generación" (NGS, Next Generation Secuencing) resulta en una disminución sustancial del costo de secuenciación y permite realizar los proyectos individuales de los investigadores que requieren de secuenciación a mediana escala. Una de las aplicaciones prometedoras de la tecnología NGS es la obtención del código de barras, incluyendo las lecturas rutinarias del genoma completo de cloroplastos, que se propuesta como alternativa al código de barras basado en loci.

Bibliografía

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Hollingsworth, P. M. et al. 2011. Choosing and using a plant DNA barcode. PLoS One 6(5): e19254. doi:10.1371/journal.pone.0019254.
Kuo, L.-Y. et al. 2011. First insights into fern matK phylogeny. Molecular Phylogenetics and Evolution 59: 556-566.
Li, F.-W. et al. 2011. rbcL and matK earn two thumbs up as the core DNA barcode for ferns. PLoS One 6(10): e26597. doi:10.1371/journal.pone.0026597.
Pryer, K. M. et al. 2010. DNA barcoding exposes a case of mistaken identity in the fern horticultural trade. Molecular Ecology Resources 10: 979-985. doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02858.x
Sucher, N. J., J. R. Hennell & M. C. Carles (eds.) 2012. Plant DNA fingerprinting and barcoding: Methods and protocols. Methods in Molecular Biology, vol. 862. Springer Science+Business Media, LLC. 202 p. doi:10.1007/978-1-61779-609-8.
Wolf, P. G. et al. 2011. The evolution of chloroplast genes and genomes in ferns. Plant Molecular Biology 76: 251-261. doi:10.1007/s11103-010-9706-4.

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