Viacheslav Shalisko blog: 2013

Mañana (21 de octubre del 2013) presento nuestro cartel en el XIX Congreso Mexicano de Botánica con sede en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Tema: Biogeografía de Grammitidaceae en México y Centroamérica
Autores: Viacheslav Shalisko, J. Antonio Vázquez García, Miguel A. Muñiz Castro y Alma Rosa Villalobos Arámbula
Sesión: CA1. BIOGEOGRAFÍA Y BIOLOGÍA EVOLUTIVA - CARTEL 539

Cartel en PDF

Oct 16, 2013

Q. What is the oddest type specimen collection?

Q. What is the oddest type specimen collection?
A. The grave in Sweden storing Homo sapiens lectotype. Читать дальше......

Mi ponencia en el Seminario de Botánica sobre Codigo de Barras de ADN en los helechos

Mi ponencia en el Seminario de Botánica sobre Codigo de Barras de ADN en los helechos
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Ponencia en Seminario de Botánica Sistemática sobre Código de barras de ADN en los helechos

Hoy en seminario de Botánica Sistemática (XXXVI ciclo de Seminarios) presente la ponencia Codigo de barras de ADN aplicado a los helechos: alcances y limitaciones.

Resumen (en pdf) y ponencia (en pdf).

Resumen

La tecnología de código de barras de ADN se convirtió en una de las herramientas poderosas para realizar estudios en sistemática vegetal, ecología, filogeografía, biogeografía y en numerosos ciencias aplicadas relacionados con la biología de plantas. En el caso de los helechos, el uso de código de barras de ADN es particularmente importante, ya que tiene potencial de facilitar la identificación taxonómica tanto de los esporofitos en estado vegetativo, como de gametófitos - fase críptica en el ciclo de vida de pteridofitas.

Las regiones que se utilizan como código de barras de ADN para plantas terrestres fueron aprobadas en 2009 por el Consorcio para Código de Barras de la Vida (CBOL, Consortium for the Barcode of Life) y corresponden a dos loci de ADN de cloroplastos, rbcL y matK. Estas regiones han demostrado variabilidad apropiada para los propósitos de identificación de los taxa (a tal grado que la variabilidad de los haplotipos de cloroplastos puede estar relacionada con los límites entre las especies) y además se obtienen con relativa facilidad en los principales linajes de espermatofitas.

En los helechos, la región matK presenta problemas para secuenciarla por pérdida de los dos exones vecinos de trnK, lo que causa dificultades en su amplificación con los cebadores universales. Fue hasta el año 2011, cuando el desarrollo de los cebadores específicos para la región matK para los helechos permitió su uso exitoso en combinación con rbcL como parte del código de barras de ADN estándar. Adicional a la combinación rbcL-matK, para código de barras para los helechos se ha propuesto el uso de otras regiones de genoma, entre ellas trnL-F, atpB, rps4 y trnH-psbA, estas últimas de utilidad limitada debido a su baja variabilidad en este grupo.

El avance rápido de la tecnología "secuenciación de siguiente generación" (NGS, Next Generation Secuencing) resulta en una disminución sustancial del costo de secuenciación y permite realizar los proyectos individuales de los investigadores que requieren de secuenciación a mediana escala. Una de las aplicaciones prometedoras de la tecnología NGS es la obtención del código de barras, incluyendo las lecturas rutinarias del genoma completo de cloroplastos, que se propuesta como alternativa al código de barras basado en loci.

Bibliografía

Arjen de Groot, G. et al. 2011. Use of rbcL and trnL-F as a two-locus DNA barcode for identification of NW-European ferns: an ecological perspective. PLoS One 6(1): e16371. doi:10.1371/journal.pone.0016371
Hollingsworth, P. M. et al. 2011. Choosing and using a plant DNA barcode. PLoS One 6(5): e19254. doi:10.1371/journal.pone.0019254.
Kuo, L.-Y. et al. 2011. First insights into fern matK phylogeny. Molecular Phylogenetics and Evolution 59: 556-566.
Li, F.-W. et al. 2011. rbcL and matK earn two thumbs up as the core DNA barcode for ferns. PLoS One 6(10): e26597. doi:10.1371/journal.pone.0026597.
Pryer, K. M. et al. 2010. DNA barcoding exposes a case of mistaken identity in the fern horticultural trade. Molecular Ecology Resources 10: 979-985. doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02858.x
Sucher, N. J., J. R. Hennell & M. C. Carles (eds.) 2012. Plant DNA fingerprinting and barcoding: Methods and protocols. Methods in Molecular Biology, vol. 862. Springer Science+Business Media, LLC. 202 p. doi:10.1007/978-1-61779-609-8.
Wolf, P. G. et al. 2011. The evolution of chloroplast genes and genomes in ferns. Plant Molecular Biology 76: 251-261. doi:10.1007/s11103-010-9706-4.

Sep 27, 2013

Formula 1 (Burn, Lotus team partner) en Plaza Galerias.

Sep 16, 2013

Que programa tan fabulosa de MET (traslaciones en Teatro Diana)!

Que programa tan fabulosa de MET (traslaciones en Teatro Diana)!
http://www.teatrodiana.com/met2013_14/

Debido a mis raíces, me siento casi obligado asistir en:
Eugene Onegin de Tchaikovsky.
La Nariz de Shostakovich.
Rusalka de Dvorak.
El Príncipe Igor de Borodin.

Aunque Piccini, Verdi, Rossini, Massenet y Mozart también me encantarian.
http://www.teatrodiana.com/met2013_14/ Читать дальше......

Sep 13, 2013

How does this system work...

How does this system work...

http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1591
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1591 Читать дальше......

It seems, that thanks to Zeno´s Thesis Paradox there is no chance to graduate, ever.

It seems, that thanks to Zeno´s Thesis Paradox there is no chance to graduate, ever. Though, the same phenomena may be applicable to possibility of article acceptance...

http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1610
http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1610 Читать дальше......

Sep 10, 2013

О ботанических иллюстрациях

Ботанические (и зоологические) иллюстрации представляют собой воплощение определённого эпистемологического метода, и не относятся ни к жанру абстрактного искусства, ни к жанру фотографически точного отображения реальности. Такие иллюстрации являются схемами живых организмов с проработанными до мельчайших деталей отдельными важными для определения чертами. Поскольку такие черты или признаки признаются диагностическими или нет в зависимости от текущего положения дел в систематике группы, набор этих признаков со временем меняется. В связи с чем меняется и достоверность, реалистичность схематичного представления организма на иллюстрации.

С одной стороны, в отличие от фотографии, данный подход позволяет специфически выделять важные специалистам признаки и сочетать их в пределах одной схемы, часто таким образом, что данное одновременное сочетание признаков может быть затруднительно или невозможно наблюдать в природе. С другой стороны, этот подход оказывается довольно зависим от интерпретации, в первую очередь специалиста систематика, заказавшего иллюстрацию, но не во последнюю очередь и художника, набившего руку и глаз на определённых "значимых" признаках и пропускающего малозначимые.

Очень верно об этом пишет ivanov_petrov (ivanov-petrov.livejournal.com/1841128.html): "[...] на рисунке то, что мы понимаем. Рисунок - выраженное графически понимание. [...]". Читать дальше......

Sep 9, 2013

Publimetro del día de hoy con portada en ruso.

Publimetro del día de hoy con portada en ruso.

http://www.publimetro.com.mx/
http://www.readmetro.com/en/mexico/guadalajara/
http://vshalisko.blogspot.com/2013/09/el-publimetro-httpwww.html Читать дальше......

El Publimetro (http://www.publimetro.com.mx/) del dia de hoy salio con portada en ruso. Tanto en Guadalajara, como en D.F. y Monterrey. Mi trabajo.

Sep 7, 2013

El libro de F.

El libro de F. Moreno Fernández "Atlas de la lengua española en el mundo" puede ser útil para personas quien desean conocer la diversidad lingüistica mundial, historia del español en el contexto de lenguas indo-europeas y el proceso de dispersión del español en el mundo.

Un libro disponible en forma gratuita en Google Books.
https://market.android.com/details?id=book-yrUSulWCJxUC Читать дальше......

Sep 6, 2013

Recent revealing of US and UK efforts in deliberate weakening of civil cryptographic systems just confirms the well...

Recent revealing of US and UK efforts in deliberate weakening of civil cryptographic systems just confirms the well known fact: no one can trust proprietary or "closed"-source software in aspect of privacy and security. Though use of Open Source software and open systems could be a solution of this problem. Bruce Schneier give some useful tips. But it seems to be a bit difficult to maintain private communication, due to the fact you cannot force other people to use same secure tools. Even it is illegal to use cryptography without "backdoors" in some countries like Russia.

By the way, most of people do not care on personal privacy. Obviously, if you store your files and mail in "cloud" service provided by Google, Microsoft or other company, with slight encryption or without any - you should understand that this information could potentially become public. But seems, there is no problem of this for the mayor part of Internet users.

El Pais: EE UU recurre a una gran conspiración para minar la privacidad en Internet
(http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html)

The Guardian: Bruce Schneier. The US government has betrayed the internet. We need to take it back
(http://www.theguardian.com/commentisfree/2013/sep/05/government-betrayed-internet-nsa-spying)

The Guardian: Bruce Schneier. NSA surveillance: A guide to staying secure
(http://www.theguardian.com/world/2013/sep/05/nsa-how-to-remain-secure-surveillance)
http://internacional.elpais.com/internacional/2013/09/06/actualidad/1378459720_489175.html Читать дальше......

Aug 29, 2013

Erlich. Grandes Inventos Anticonceptivos.

Erlich. Grandes Inventos Anticonceptivos.
http://elpais.com/elpais/2007/07/06/actualidad/1183715106_850215.html
http://elpais.com/elpais/2007/07/06/actualidad/1183715106_850215.html Читать дальше......

May 8, 2013

Ponencia en Seminario de Botánica sobre Evolución tectonica de Centroamérica

Hoy presente mi ponencia en este ciclo de seminarios de Botánica Sistemática (XXXV ciclo de Seminarios). Tema de ponencia: Evolución tectónica de Centroamérica y sus implicaciones para la biogeografía.

Ponencia en PDF

Resumen:

La teoría de la tectónica de placas, que se desarrollo a partir de la hipótesis propuesta en 1915 por Alfred Wegener, representa uno de los paradigmas centrales de las Ciencias de la Tierra. Los estudios de la tectónica de placas, realizados en la última década, resultaron en una importante actualización de las reconstrucciones paleogeográficas de la región de México y Centroamérica. Así, Keppie (2004), Weber et al. (2010) rastrean la historia del microcontinente Oaxaquia y de las estructuras relacionadas desde su surgimiento 1.2 Ga en el margen de la Amazonia. Rogers et al. (2007) y Morán-Zenteno et al. (2009) analizan la evolución del bloque Neoproterozoico Chortis, que corresponde al terreno de las actuales Nicaragua y Honduras. La reconstrucción de Pindell et al. (2005), Pindell y Kennan (2009) abarca los últimos 200 Ma de la evolución tectónica regional del Caribe, Golfo de México, Centroamérica y Norte de Sudamérica. Ferrari et al. (2012) analizan la secuencia de eventos volcánicos en la Faja Volcánica Transmexicana desde el Mioceno Temprano.

La inferencia de eventos paleogeográficos en la evolución de la diversidad florística en los Neotrópicos puede ser muy alta, como esta propuesto, por ejemplo, en el análisis de Gentry (1982). La reconstrucción actualizada de la secuencia de eventos paleogeográficos y paleoclimáticos en los Neotrópicos forma la base para una nueva síntesis biogeográfica, los elementos de esa síntesis en la aplicación a la evolución de la flora están trazados en Hughes et al. (2013).

Bibliografía selecta:

Ferrari, L. et al. 2012. The dynamic history of Trans-Mexican Volcanic Belt and the Mexico Subduction Zone. Tectonophysics 522-523: 122-149.

Gentry, A. H. 1982. Neotropical floristic diversity: Phytogeographical connections between Central and South America, Pleistocene climate fluctuations, or an accident of Andean orogeny? Annals of the Missouri Botanical Garden 69(3): 557-593.

Hughes, C. J. et al. 2013. Neotropical Plant Evolution: Assembling the Big Picture. Botanical Journal of the Linnean Society 171: 1–18.

Keppie, D. 2004. Terranes of Mexico Revisited: A 1.3 Billion Year Odyssey. International Geology Review 46: 765–794.

Morán-Zenteno, D. J. et al. 2009. Reassessment of the Paleogene position of the Chortis block relative to southern Mexico: hierarchical ranking of data and features. Revista Mexicana de Ciencias Geológicas 2(1): 177-188.

Pindell, J. L. et al. 2005. Plate-kinematics and crustal dynamics of circum-Caribbean arc-continent interactions: Tectonic controls on basin development in Proto-Caribbean margins. The Geological Society of America Special Paper 394: 7-52.

Pindell, J. L. y L. Kennan. 2009. Tectonic evolution of the Gulf of Mexico, Caribbean and northern South America in the mantle reference frame: an update. Geological Society, London, Special Publications 328: 1-55.

Rogers, R. D. et al. 2007. Tectonic terranes of the Chortis block based on integration of regional aeromagnetic and geologic data. The Geological Society of America Special Paper 428: 65-88.

Weber, B et al. 2010. U–Pb and Lu–Hf isotope systematics of lower crust from central-southern Mexico – Geodynamic significance of Oaxaquia in a Rodinia Realm. Precambrian Research 182: 149–162.

Apr 28, 2013

Bayesian phylogenetic analysis of Grammitidaceae

Materials for reconstruction of Grammitidaceae phylogeny (part of my current research).

First attempt with cpDNA (rbcL, atpB, trnL-F) for 217 samples from GenBank using Bayesian inference.

Tools: MrBayes 3.2.1 x64 + BEAGLE, jModelTest 2.1.3, Geneious 6.0.6 Trial, FigTree 1.4.0, Tracer 1.5, (+ BEAST for molecular clock tests, not included to this post).

Options: models selected with Akaike information criteria (atpB = TVM+I, rbcL = TrN+I, trnL-F = K80+I); 15·10⁶ generations in Markov chain Monte Carlo sampling, 10% burn-in, 27000 resulting trees, tree selection criteria Posterior Probability > 0.5.

Resulting tree looks like nice, but there are some basal polytomy and many of basal nodes are weakly supported. Reconstruction for New World genera looks compartible with published papers, but topology for genera from Tropical Asia seems to be an atrifact of poor sampling (according to M.Sun. comments). Not so bad for first attempt, after all.

Some pictures below.

Consensus tree.

Unrooted graph and some Tracer output

Allignment in Genious 6, using Muscle algorithm and manual ajustment.

P.S. Another consensus tree, afeter some severe problems in trnL-F allingment were resolved.

Apr 9, 2013

Title

Mar 17, 2013

Paleobathymetry data preparation How-To

You can download Dietmar Muller & Maria Seton (2008) data on paleobathymetry and oceanic crust age during last 140 Ma at http://www.earthbyte.org/Resources/palaeoagegrid2008.html

1. Extract contents of age_depth_bath_0.bz2 with any suitable archivier (like 7-zip).

2. Using Open Source tool set GMT (General Mapping Tools, http://gmt.soest.hawaii.edu/) ver. 4.5.9 64-bits (Windows 8) to process data.
Set table data delimiter:
gmtset.exe FIELD_DELIMITER=,

Extract three columns of data from table to make XYZ format ASCII file:
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv

Fore some reason, xyz2grd produce inverse projected grid (south-north is switched), so it is necessary to make nagative values of latitude in table:
gmtmath.exe -C1 -V age_0.csv NEG = age_0i.csv

Convert to netCDF grid of floating point values:
xyz2grd.exe age_0i.csv -Gage_0.flt=nf -N0 -Rd -I0.1 -V

Add header to this grid:
File age_0.hdr
ncols 3601
nrows 1801
xllcorner -198
yllcorner -90
cellsize 0.1
nodata_value 0
NODATA 0

3. Open in GIS application, set projection (geographic with datum WGS-1984), save in suitable format (GeoTiff), calculate statistics and pyramid layers.

For bathymetry data estract firth column instead of third from original table.
gmtconvert.exe age_depth_bath_0.xyadb -F0,1,2 -V > age_0.csv

Mar 11, 2013

Ponencia sobre Cambio Climático en cine-foro estudiantil, CUCBA, Universidad de Guadalajara.

pinencia en PDF

Bibliografia selecta:

Adams. 2008. Vegetation-climate interactions. How plants make the global environment. 2^nd ed. Springer. Praxis Publishing. 266 pp.
Cox & Jones. 2008. Illuminating the modern dance of climate and CO₂. Science 321: 1642-1644.
Friedman (ed.) 2009. Climate change . Writing the critical essay, an opposing viewpoints guide. Gale. Cengage Learning. 128 pp.
Gornitz (ed.) 2009. Encyclopedia of paleoclimatology & ancient environments. Springer Science, Business Media B. V. 1048 pp.
Hansen et al. 2008. Target atmospheric CO₂: where should humanity aim? The Open Atmospheric Science Journal 2: 217-231.
Huntingford et al. 2013. Simulated resilience of tropical rainforest to CO₂-induced climate change. Nature Geoscience doi:10.1038/ngeo1741
IPCC. 2007. Climate Change 2007. The Physical Science Basis. Contribution of Working Group I to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Solomon, S., D. Qin, M. Manning, Z. Chen, M. Marquis, K.B. Averyt, M. Tignor and H.L. Miller (eds.). Cambridge University Press. 996 pp.
Kiehl. 2011. Lessons from Earth´s past. Science 331: 158-159.
Marcott et al. 2013. A reconstruction of regional and global temperature for the past 11,300 years. Science 339: 1198-1201.
Melles et al. 2012. 2.8 millions years of Arctic climate change from lake El’Gygytgyn, NE Russia. Science 337: 315-320.
Severinghaus et al. 2009. Oxygen-18 of O₂ records the impact of abrupt climate change on the terrestral biosphere. Science 324: 1431-1434.
Steffenson et al. 2008. High-resolution Greenland ice core data show abrupt climate change happens in few years. Science 321: 680-683.

Feb 27, 2013

О физическом вакyуме и стабильности Вселенной. Забавное обсуждение в комментариях.

О физическом вакyуме и стабильности Вселенной. Забавное обсуждение в комментариях.

http://elementy.ru/LHC/news?discuss=431980

Degrassi et al. 2012. Higgs mass and vacuum stability in the Standard Model at NNLO. arXiv:1205.6497v1.
Abstract: http://arxiv.org/abs/arXiv:1205.6497
Полный текст (http://arxiv.org/pdf/1205.6497v1.pdf) на любителя.
http://elementy.ru/news/431980?page_design=print Читать дальше......

Dec 29, 2013

Dec 28, 2013

Dec 25, 2013

Dec 18, 2013

Nov 14, 2013

Oct 20, 2013

Oct 16, 2013

Sep 27, 2013

Sep 16, 2013

Sep 13, 2013

Sep 10, 2013

Sep 9, 2013

Sep 7, 2013

Sep 6, 2013

Aug 29, 2013

May 8, 2013

Apr 28, 2013

Apr 9, 2013

Mar 17, 2013

Mar 11, 2013

Feb 27, 2013

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