Áreas de distribución de Abies flinckii y Abies religiosa ssp. colimensis en Nevado de Colima.

Compara con datos de Martínez-Mendez et al. 2016. (http://www.botanicalsciences.com.mx/index.php/botanicalSciences/article/viewFile/508/pdf_4) Читать дальше......

Nuestro cartel en el Congreso Mexicano de Botánica

Mañana (21 de octubre del 2013) presento nuestro cartel en el XIX Congreso Mexicano de Botánica con sede en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Tema: Biogeografía de Grammitidaceae en México y Centroamérica
Autores: Viacheslav Shalisko, J. Antonio Vázquez García, Miguel A. Muñiz Castro y Alma Rosa Villalobos Arámbula
Sesión: CA1. BIOGEOGRAFÍA Y BIOLOGÍA EVOLUTIVA - CARTEL 539

Cartel en PDF

Читать дальше......

Ponencia en Seminario de Botánica sobre Evolución tectonica de Centroamérica

Hoy presente mi ponencia en este ciclo de seminarios de Botánica Sistemática (XXXV ciclo de Seminarios). Tema de ponencia: Evolución tectónica de Centroamérica y sus implicaciones para la biogeografía.

Ponencia en PDF


Resumen:

La teoría de la tectónica de placas, que se desarrollo a partir de la hipótesis propuesta en 1915 por Alfred Wegener, representa uno de los paradigmas centrales de las Ciencias de la Tierra. Los estudios de la tectónica de placas, realizados en la última década, resultaron en una importante actualización de las reconstrucciones paleogeográficas de la región de México y Centroamérica. Así, Keppie (2004), Weber et al. (2010) rastrean la historia del microcontinente Oaxaquia y de las estructuras relacionadas desde su surgimiento 1.2 Ga en el margen de la Amazonia. Rogers et al. (2007) y Morán-Zenteno et al. (2009) analizan la evolución del bloque Neoproterozoico Chortis, que corresponde al terreno de las actuales Nicaragua y Honduras. La reconstrucción de Pindell et al. (2005), Pindell y Kennan (2009) abarca los últimos 200 Ma de la evolución tectónica regional del Caribe, Golfo de México, Centroamérica y Norte de Sudamérica. Ferrari et al. (2012) analizan la secuencia de eventos volcánicos en la Faja Volcánica Transmexicana desde el Mioceno Temprano.

La inferencia de eventos paleogeográficos en la evolución de la diversidad florística en los Neotrópicos puede ser muy alta, como esta propuesto, por ejemplo, en el análisis de Gentry (1982). La reconstrucción actualizada de la secuencia de eventos paleogeográficos y paleoclimáticos en los Neotrópicos forma la base para una nueva síntesis biogeográfica, los elementos de esa síntesis en la aplicación a la evolución de la flora están trazados en Hughes et al. (2013).

Bibliografía selecta:

Ferrari, L. et al. 2012. The dynamic history of Trans-Mexican Volcanic Belt and the Mexico Subduction Zone. Tectonophysics 522-523: 122-149.

Gentry, A. H. 1982. Neotropical floristic diversity: Phytogeographical connections between Central and South America, Pleistocene climate fluctuations, or an accident of Andean orogeny? Annals of the Missouri Botanical Garden 69(3): 557-593.

Hughes, C. J. et al. 2013. Neotropical Plant Evolution: Assembling the Big Picture. Botanical Journal of the Linnean Society 171: 1–18.

Keppie, D. 2004. Terranes of Mexico Revisited: A 1.3 Billion Year Odyssey. International Geology Review 46: 765–794.

Morán-Zenteno, D. J. et al. 2009. Reassessment of the Paleogene position of the Chortis block relative to southern Mexico: hierarchical ranking of data and features. Revista Mexicana de Ciencias Geológicas  2(1): 177-188.

Pindell, J. L. et al. 2005. Plate-kinematics and crustal dynamics of circum-Caribbean arc-continent interactions: Tectonic controls on basin development in Proto-Caribbean margins. The Geological Society of America Special Paper  394: 7-52.

Pindell, J. L. y L. Kennan. 2009. Tectonic evolution of the Gulf of Mexico, Caribbean and northern South America in the mantle reference frame: an update. Geological Society, London, Special Publications 328: 1-55.

Rogers, R. D. et al. 2007. Tectonic terranes of the Chortis block based on integration of regional aeromagnetic and geologic data. The Geological Society of America Special Paper 428: 65-88.

Weber, B et al. 2010. U–Pb and Lu–Hf isotope systematics of lower crust from central-southern Mexico – Geodynamic significance of Oaxaquia in a Rodinia Realm. Precambrian Research 182: 149–162.

Читать дальше......

Cohen Kappa for classification accuracy control

Useful Cohen Kappa statistics tools:

Philippe Bonnardel program (Kappa.exe) - detailed kappa statistics for data up to 25 classes
Pedro Femia Marzo & Antonio Martín Andres tool (Delta 3.2) - delta and kappa measures of agreement between categorical data Читать дальше......

GeoTagging of gigital photos how-to

Tools for GeoTagging of digital photography.

Hardware: GPS Garmin Summit HC + Digital camera Canon EOS Rebel XS + PC
Software:
1. Canon EOS Utility 2.8.1
2. DNR Garmin 5.4.1
3. GPSCorrelate 1.5.6 (win)
4. ExifTool 8.52 (win) + ExifTool-GUI 4.08 (win, optional)
5. MS Excel 2007
6. ArcGIS Decktop 9.3 or any compatible GIS application

While taking photos, digital camera clock should be verified with GPS time, don'to forget tunrn on GPS and to record track.
Step 1. Download photos from camara with EOS Utility (in JPEG)
Step 2. Download GPS track with DNR Garmin (save in GPX format, also it is useful to save it in vector SHP format to have track visualization)
Step 3. Use GPSCorrelate to set individual EXIF geographical metadata in JPEG pictures (whole directory) in base of GPS track (check that Time Zone setting is correct)
Step 4 (optional). Extract geographical metadata just stored in JPEG pictures to list in text file, using ExifTool. In command line it looks like: exiftool.exe -T -r -filename -GPSLatitudeRef -GPSLatitude -GPSLongitudeRef -GPSLongitude -GPSAltitude -DateTimeOriginal e:\Photoes_temp\ > coord_list.txt
Step 5 (optional). Import text file as tab separated table to Excel, use formulas similar to next ones: [=LEFT(C2,FIND(" deg ",C2,1)-1)], [=MID(C2,FIND(" deg ",C2,1)+5,(FIND("' ",C2,1)-FIND(" deg ",C2,1)-5))], [=MID(C2,FIND("' ",C2,1)+1,(FIND(" N",C2,1)-FIND("' ",C2,1)-2))], [=I2+J2/60+K2/3600] to transform strings with coordinates to degrees with fractions.
Step 6 (optional). Import Excel file to ArcGIS, visualize table data using "Display XY data" context menu option (don't forget to select correct coordinate system, like GCS_WGS_1984, or another one depending on GPS data), save visualized layer through "Data->Export data" like point shapefile (SHP). Читать дальше......

MIA Macrobus Fase II - "consulta ambiental"

Asistí hoy en una reunión que fue anunciada por el SITEUR Jalisco como Consulta Ambiental sobre tema de la Manifestación del Impacto Ambiental de la Fase II del Macrobus en la Zona Metropolitana de Guadalajara (ZMG). Proposito de mi presencia en la reunion fue apoyar la gente de la consultora AU en la sección de preguntas, en cuanto trataba de las temas técnicas, en los cuales estuvo participando. En el estudio para la MIA de las fases I, II y III del proyecto Macrobus que, que fue terminada hace tiempo, mi contribución consistía en dos aspectos: a) calculo de dispersión atmosférica de las sustancias contaminantes emitidas por los fuentes moviles en la escala de la ciudad (utilizando modelo AUSTAL 2000); b) calculo de biomasa de los árboles en la zona de afectación immediata del proyecto, con la estimación de su potencial para la captura del CO₂.

Despues de esta reunion tengo clara idea que esta sistema si se va a implementar en la Ciudad de Guadalajara en el futuro cercano. A proposito, no había una critica sustancial de las partes del estudio que fueron bajo mi cargo por los presentes en la reunión. Tengo varios comentarios.

1. Para mi no esta muy clara la decisión de SEMADES Jalisco de no efectuar el procedimiento de consulta pública del MIA para la Fase II del Macrobus. Como sabemos, actualmente el MIA ya esta dictaminado y vigente, a pesar de que no había consulta pública del mismo. Dicen que no es un requisito establecido por las normas vigentes.

2. Comprendo mejor por que el Gobierno opto por implementación del transporte público superficial (BRT) con motores de combustión interna, en lugar de invertir en la infraestructura del metro. Cuestión es el dinero: no hay suficientes re3cursos para construcción de metro. En particular, la linea 2 del metro de Guadalajara (TrenLigero, aunque linea es completamente subterránea), que funciona desde año 1994, tiene largo de 8 kilómetros y fue resultado de inversión grande de 40 millones USD por kilómetro de la infraestructura. La linea todavía no recupero la inversión, aunque pasaron 16 años. Ademas, número de usuarios de esta línea se estima en 80 mil personas diariamente, con la capacidad de transportar hasta 300 mil personas diariamente, implementada en la infraestructura. En frente de esta realidad, la construcción de otra linea del metro no parece factible desde visión financiera. Posiblemente Macrobús, incorporado a sistema del transporte urbano multimodal, podría mejorar rendimiento del metro en ZMG y provocar incremento de rentabilidad de la infraestructura existente.

Estudios Técnicos y otra documentación en el sitio oficial de Macrobus Читать дальше......

Вычисление статистики для множества слоёв в ArcGIS

Имеется:
а) совокупность однослойных растровых отображений в формате ERDAS IMG (например, модель конценрации загрязняющих веществ в приповерхностном слое атмосферы)
б) набор векторных форм (полигонов) в формате ERSI SHP (shapefile) определяющих зоны для которых нужно вычислить статистику на основе растровых отображений. Зоны определены в поле ROUTE_NAME.
Все данные имеют одну и ту же геопривязку.

Задача: вычислить статистику (MEAN, STD, MIN, MAX) для каждой из зон на основе каждого из растров. Задача не может быть выполнена вручную по причине большого числа растров и зон. Статистика должна быть сохранена в форме единой таблицы.

Решение:
1) Воспользоваться скриптом David Coley для автоматического вычисления зонной статистики для совокупности файлов (BatchZonalStatsAsTable) для ArcGIS decktop. Адаптировать его код на Python для данной задачи. Для этого изменить переменные определяющие параметры запуска скрипта выражениями вида gp.Workspace = sys.argv[3], где sys.argv[3] означает поле ввода данных 3 в интерфейсе запуска скропта в ArcGIS decktop. Скрпт запускает инструмент ArcGIS из Spatial Analyst Tool -> Zonal Statistics as Table и создаёт совокупность файлов DBF, соответствующих каждому исходному растровому образу. В таблице DBF строки соответствуют зонам в исходном SHP файле.
2) Для того чтобы объединить множество файлов DBF, находящихся в директории, в один, применяется мой скрипт на Perl. Скрипт принимает путь к директории как единсвенный параметр запуска и в стандартный вывод записывает строка за строкой значения из всех прочтённых DBF файлов, разделяя их запятыми. Запускается приблизительно так: perl dbf_merge.pl f:\working_dir > output.csv

#!/usr/local/bin/perl 
dbf_merge.pl by Viacheslav Shalisko
-----------------------------------
use XBase;
my $dir = $ARGV[0];
chdir $dir || die "\nCan`t open directory $dir\n";
while (<*.dbf>) {
    $file = $_;
    my $database = new Xbase;
    $database->open_dbf($file, undef);
    my $end=$database->lastrec;
    my $current_rec = 1;
    while ($current_rec < $end) 
    {
      $current_rec = $database->recno;
      print "linea $current_rec de $end, ";
      print "$file, ";
      print &trim($database->get_field("ROUTE_NAME"));
      print ", ";
      print $database->get_field("COUNT");
      print ", ";
      print $database->get_field("AREA");
      print ", ";
      print $database->get_field("MIN");
      print ", ";
      print $database->get_field("MAX");
      print ", ";
      print $database->get_field("RANGE");
      print ", ";
      print $database->get_field("MEAN");
      print ", ";
      print $database->get_field("STD");
      print ", ";
      print $database->get_field("SUM");
      print "\n";
      $database->go_next;
    }
    $database->close_dbf;
}
sub trim {
  my @out = @_;
  for (@out) {
    s/^\s+//;
    s/\s+$//;
  };
  return wantarray ? @out : $out[0];
}

Читать дальше......

Проект Las Cruces

Las Cruces это название проектируемой гидроэлектростанции на границе штатов Найарит (Nayarit) и Дуранго (Durango) в Западной Мексике. Её планируют построить на реке Сан Педро (San Pedro). Перед воплощением такого рода проектов, проектов которые предполагают очень значительные локальные изменения окружающей среды, проводится длительная подготовка, в частности изучается характер землепользования в прошедшие десятилетия. Для этого привлекаются разные источники, в том числе карты растительности, полученные на основе анализа данных дистанционного зондирования (remote sensing).

Случилось так, что в последние два-три года я стал часто участвовать в работах по изготовлению карт растительности на основе анализа спутниковых фотографий. Las Cruces — последний к настоящему моменту проект такого рода. Что-то нужно сделать к концу января, а что-то — к марту. Поэтому сейчас я время от времени занимаюсь этим.

У меня двойственное отношение к таким проектам. С одной стороны, я понимаю необходимость развития энергетической инфраструктуры, преимущества гидроэлектростанций как "зелёного" метода получения электроэнергии, с другой — меня не может не беспокоить разрушение местообитаний растений и животных, связанное с затоплением ущелий и изменением гидрологического режима территории.

Казалось бы, всё просто. Мексиканские гидроэлектростанции имеют общую мощность более 11 ГВт, и в год производят около 47 тераватт-часов энергии, что составляет приблизительно 22% от всего производства энергии в этой стране (CFE). Если бы эта электроэнергия была получена из ископаемого топлива, потребовалось бы сжечь более 19 миллионов тонн угля, или эквивалентный объём нефтепродуктов/газа. А значит, в атмосферу попало бы 49 миллионов тонн двуокиси углерода, или даже больше (1). Я слышал что это плохо влияет на климат. К вопросу влияния на климат я вернусь в другой раз, но в отношении преимуществ генерации энергии из возобновляемых источников существует полная ясность.

Однако, в связи с проектом Las Cruces оказываются затронуты массивы сезонного тропического леса (selva baja caducifolia), столь характерного для горных ущелий на тихоокеанском побережье. Участь тропического леса печальна, но наиболее тревожно не это, а влияние на зону мангров Marismas Nacionales (которую предполагают превратить в природоохранную зону). Изменение гидрологического режима реки Сан Педро наверняка приведёт к изменениям в её дельте, а это непременно скажется на обширных мангровых зарослях, весьма чувствительных к трудноконтролируемым факторам, таким как солёность воды или концентрация растворенного в воде кислорода. У меня нет уверенности что эффект будет исключительно негативным для мангров. Но изменения растительности в прибрежной зоне обязательно будут. Чтобы разобраться, как изменялась растительность в последние десятилетия, каковы тенденции этих изменений (а они всегда выражаются в сокращении площади естественной растительности) анализируем данные дистанционного зондирования доступные с начала 70-х годов.

Читать дальше......